Единство Христа, хотя и неудачно, пытался отстаивать уже Аполлинарий Лаодикийский, и Кирилл Александрийский был вынужден воспользоваться его формулировками, очищая их от заблуждений и давая им новую интерпретацию. Важнейшая из этих формулировок – «единая воплощённая природа Бога Слова». Он часто использовал также её сокращённый вариант – «единая природа Христа». При этом он избегал говорить о двух природах во Христе, даже когда его активно к этому побуждали. Тем не менее, он использовал формулировку «единая природа» в ином смысле, чем Аполлинарий. Разница заключается, прежде всего, в том, что человечество Христа, составляющее вместе с божеством эту «единую природу», включает в себя не только плоть, но и душу: «Тело, соединившееся со Словом, было одушевлено умной душой. Душа Христа способна к страданиям наряду с телом». Когда же богодухновенное Писание говорит, что Он пострадал плотью, то и мы должны говорить точно так же, то есть – человеческой природой. В отличие от Аполлинария, для которого человечество Христа было пассивным и лишённым собственной жизни и энергии, в богословии Кирилла оно активно и имеет собственную жизнь. Именно этот динамический фактор человечества, наличие в нём собственной энергии, позволяет исследователям полагать, что Кирилл считал человечество Христа полноценной природой – в позднейшем халкидонском смысле. При этом Субъектом всех действий человечества, а также и божества остаётся один и тот же Христос: «Мы разумеем Христа, страдающего плотью от иудеев и остающегося бесстрастным по божеству». Образ Христа, являющегося единым Субъектом страданий по человечеству и бесстрастности по божеству, получит широкое распространение в дальнейшем. Кирилл называл человечество Христа «природой» только в том случае, когда речь идёт о способности человечества страдать или, более широко, иметь свою собственную активность (энергию); например, когда говорит, что Христос пострадал «человеческой природой. В иных контекстах он этого не делал. Этот факт объясняется тем, что к его времени под влиянием аполлинаризма и несторианства сложилась традиция, в рамках которой понятие природы по отношению к Христу не было тождественным понятию сущности применительно к Святой Троице, т.е. категории общей сущности в аристотелевском смысле. Природа рассматривалась, скорее, как сущность, имеющая своё самостоятельное и частное бытие. В этом смысле данное понятие было близким к каппадокийскому понятию ипостаси, т.е. частной сущности. Вероятно, именно это стало главной причиной того, что Кирилл не использовал формулу «две природы». Однако он всё же различал божество и человечество во Христе, но «лишь умозрительно». Соединение их он мыслил как соединение «по ипостаси», т.е. значительно более тесно, чем несторианское «по благоволению». Иоанн Кассиан Римлянин, рассуждая о таинстве Воплощения, называл его прямо «воплощением» (incarnatio) или «таинством рождённого во плоти Бога» (sacramentum nati in carne Dei). Для описания соединения божества и человечества во Христе он использовал различные, порой взаимоисключающие термины, что придаёт его христологии некоторую двусмысленность. Так, например, рассуждая о Воплощении, он употреблял выражения: «восприятие плоти/тела» (susceptio carnis/corporis), «телесное рождение» (corporea nativitas), «рождённый во плоти/плотски» (natus in carne/secundum carnem), «единство», «соединение» (unitas, unitus), «сопрягать», «сопряжение» (conjungi), «прилипать», «прилипание» (adhaereo), «сопричастие» (consortium) и даже «смешивать», «смешение» (inserere, miscere). В полемике с Несторием Иоанн делал особенный акцент на единстве Лица Иисуса Христа, что обычно подчёркивалось у него выражением «один и тот же» (unus atque idem). Согласно Иоанну, один и тот же Сын Божий есть Единородное Слово Божье и Иисус Христос. «Господний человек» (Dominicus homo) так соединился и сочетался (concorporat) с Богом, что никто не может отделить ни человека от Бога во времени, ни Бога от человека в страдании. Христос, сын человеческий и Сын Божий, един и неделим в себе (unitum et individuum sibi); во Христе нет никакого разделения (divisio). Единство Бога и человека во Христе характеризуется им как их «неразрывная связь» (inseparabilis connexio). Более того, он говорит даже о сущностном единстве, понимая его в смысле личного единства: «Там, где ты видишь совершенно нераздельную сущность Христа и Бога, познай также нераздельность Лица». По мнению Иоанна, сам момент соединения божества и человечества совпадает с Благовещением. Он говорит: «Тогда происходит начало нашего Господа и Спасителя, когда и зачатие»; «Бог соединился с человеком в утробе Святой Девы». Святой Дух, по его мнению, «освящал внутренности Святой Девы, и дышал (spirans) в них силой Своего божества». Одновременно «Сила Всевышнего» (virtus altissimi), т.е. Бога Отца, укрепила Святую Деву «всеобъемлющим покровом своей сени» (circumfusa umbrae suae protectione) для того, чтобы слабая человеческая природа смогла вынести вхождение в Неё божества и стала способной «для совершения неизречённого таинства святого зачатия».