Первое упоминание о нём в источниках – акт прота (настоятеля) Фомы 985 г., подписанный ватопедским игуменом Николаем. Хотя его подпись стоит последней в ряду подписей других игуменов, но уже с 996 г. Ватопед занимает одно из первых мест в иерархии афонских монастырей. Считается, что он изначально являлся киновией (по преданию, сам Афанасий Афонский дал ему общежительное правило). В конце Х в. был сооружён собор, посвященный Благовещению Пресвятой Богородицы, и часовня на кладбище (на её основе впоследствии был построен параклис во имя св. Апостолов). Актовые материалы того времени фиксируют быстрый рост монастыря и расширение его земельных владений. Документы 998, 1001 и 1010 гг. свидетельствуют, что наряду с Великой Лаврой и Иверским монастырём он был способен ассимилировать малые монашеские учреждения (например, владения монастыря Филадельфа). В начале XI в. прот передал Ватопеду подворье в местности Просфорион, а в 1018 г. – земли к юго-востоку от него, граничащие с владениями афонского монастыря Зигу. Из документа, датируемого около 1040 г., исследователи делают вывод, что ватопедский игумен занимал третье место после игуменов Великой Лавры и Иверского монастыря. В «Типиконе» Константина IX Мономаха (1042–1054 гг.) 1045 г. было закреплено высокое место Ватопеда в иерархии афонских монастырей (в этом документе он указан вторым, сразу после Великой Лавры и перед Ивироном). Фактически статус второго по значению монастыря был достигнут Ватопедом только в XIV в. По свидетельству источников, в середине XI в. монастырь уже был «многолюдным» (его быстрый рост, по мнению Н. Икономидиса, был связан с богатством Адрианополя и его аристократии). Исследователи предполагают, что число ватопедских монахов приблизительно составляло 100 человек, но насельников было меньше, чем в Великой Лавре (где их насчитывалось до 700 человек), т.к. «Типикон» Константина IX Мономаха 1045 г. позволял Ватопеду иметь только одну пару волов, в то время как Лавра обладала четырьмя парами волов. В XI в. в монастыре разворачивается активное строительство: были возведены притвор (в афонской архитектуре называемый «лити́»), северный и южный приделы кафоликона, освящённые во имя великомученика Димитрия и святителя Николая. Константин IX Мономах пожаловал Ватопеду солемний (годовое содержание за счёт императорской казны). Император Михаил VI Стратиотик (1056–1057 гг.) увеличил сумму до 80 номисм (в то время как Великая Лавра и Ивирон получали от императора по 600 номисм). В период экономического кризиса, постигшего Византию в середине XI в., император Исаак I Комнен (1057–1059 гг.) вполовину сократил годовое содержание Ватопеду, но около 1080 г. оно было увеличено на 32 номисмы. В 1080 г. император Никифор III Вофаниат (1078–1081 гг.) освободил от сверхурочных налогов земельные владения монастыря в Перифеорионе (Фракия), Хрисополе и Заверникии, на п-ове Кассандра и близ Фессалоники вместе с правом размещать на них по 50 освобождённых от налогов крестьян (париков). В 1082 г. ватопедский игумен Сергий Туркопул получил более существенные привилегии от византийского императора Алексея I Комнена (1081–1118 гг.), который заменил солемний полным освобождением земельных владений монастыря от налогов, а в 1086 г. император передал в ведение Ватопеда монастырь св. Бессребреников близ Кормисты (недалеко от Драмы). Численность монахов увеличивалась, что следует из разрешения ватопедским инокам иметь в монастырском хозяйстве две пары волов. Из источников конца XI в. исследователям известно, что избрание ватопедского игумена утверждалось непосредственно императором. В 1098 г. вдова византийского куропалата (вельможи) Симватия Пакуриана Мария Василакина, подарила монастырю две иконы («Деисус» и «Крещение Господне») и несколько богослужебных книг. Источники XII в. содержат отрывочные сведения по истории монастыря. Исследователям известно, что Ватопед имел земельный участок в Провлаке, что между монастырём и жителями Иериссо произошёл конфликт по поводу его границ.