В 1190 гг. в Ватопеде жили Симеон (в миру сербский великий жупан Стефан Неманя) и его сын Савва (будущий сербский архиепископ), которые подвизались в монастыре, пока ими не был выкуплен принадлежавший Ватопеду заброшенный монастырь Хиландар – хрисовул 1198 г. византийского императора Алексея III Ангела (1195–1203 гг.). На средства Симеона и Саввы в Ватопеде был воздвигнут ряд построек: кельи, параклисы в честь Рождества Богородицы, Преображения Господня, во имя св. Бессребреников Космы и Дамиана, свт. Иоанна Златоуста и др., а также возобновлена разрушенная пиратами церковь Симеона Богоприимца в местности Просфорион и приобретено несколько запустевших метохов (Симеон и Савва чтились в Ватопеде и считались ктиторами монастыря). Болгарские правители также оказывали покровительство монастырю. В апреле 1230 г. болгарским царём Иоанном Асенем II Ватопеду была подарена деревня Семалто около г. Серы. Падение Константинополя в 1204 г. и распад Византийской империи отрицательно сказались на жизни афонских обителей. Кроме того, в XIII в. расположенный на побережье Ватопед страдал от нападений морских разбойников. Испытания продолжались и после перехода Афона под власть Никейской империи и последующего восстановления Византийской империи (1261 г.). В 1259 г. часть его владений подверглась конфискации, хотя впоследствии эта вынужденная мера компенсировалась новыми императорскими пожалованиями. В 1270 г. хрисовул Михаила VIII Палеолога (1259–1282 гг.) закрепил за Ватопедом все его владения. Прозападная политика этого императора, одобрившего заключение церковной унии на Лионском соборе (1274 г.), вызвала его противостояние с афонскими монахами, отказавшимися поминать императора-униата во время литургии. Святогорское предание рассказывает, что император Михаил в сопровождении сторонника унии Константинопольского патриарха Иоанна XI Векка (1275–1282 гг.) посетил Афон с целью убедить монахов одобрить его политику. Он был принят в Великой Лавре и монастыре Ксенофонта, но столкнулся с оппозицией Протата, Ватопеда, Иверского и Зографского монастырей. Несогласные с политикой императора иноки подверглись гонениям (ватопедский игумен Евфимий был утоплен в море, а 12 иноков были повешены). Трудные времена закончились с приходом к власти Андроника II (1282–1328 гг.), который оказывал монастырю особое покровительство (не позднее 1287 г. Ватопед получил статус «императорского монастыря»). В хрисовуле 1301 г., данном Андроником II Ватопеду, подтверждаются земельные владения монастыря: подворье во имя Пресвятой Богородицы в Фессалонике, участки земли в области г. Серры и р. Стримон (Заверникия, Семалто, Водица, Хотоливос, подворье св. Бессребреников), а также на п-ове Халкидики: с. Кримота, местность Рафалион, подворья св. Феодоров в Кассандре, вмч. Георгия в с. Агиос-Мамас, монастырь Пресвятой Богородицы Спилиотиссы в местности Сидирокавсия, участок на о-ве Амулиани, подворья в Провлаке (Еладиава) и Просфорион с виноградниками и оливковыми рощами, местность Кали-Аммос и др. Этот василевс был одним из заказчиков росписи монастырского собора; он подарил монастырю некоторые реликвии и иллюминированные рукописи. В начале XIV в. Ватопед серьёзно пострадал от пиратских набегов и от нападения каталонцев. Монастырь потерял большую часть своих владений, т.к. государство нуждалось в средствах для ведения военных действий (на протяжении XIV в. для защиты от нападений с моря сооружались укрепления в ватопедских подворьях Ормилия, Просфорион, Агиос-Мамас). В дальнейшем монастырь продолжал увеличивать свои земельные владения. Сохранились известия о претензии Ватопеда на земли соседних монастырей Верриоту и Эсфигмена (1312, 1315–1316 гг.), приобретение нового участка в Ормилии (до 1307 г.) и подворья вмч. Георгия в Каламици (1305 г.), аренда полей близ Ксанти, принадлежавших Феодоре Комнине Синахирине (1308 г.), дарение вельможи Феодора Сарантина богатого монастыря Иоанна Предтечи Петры в Веррии (1324–1325 гг.). Монастырю также покровительствовала семья Кантакузинов. Мать императора Иоанна VI Кантакузина (около 1293 – 1383 гг.), Феодора, передала Ватопеду между 1337 и 1341 гг. обширные и богатые владения в г. Серры (подворье св. Димитрия), в окрестностях Зихны, на о-ве Лемнос и др.