Афон получал поддержку и от католических правителей. В 1456 г. Арагонский король Альфонс V (1415–1468 гг.) подписал документ, в котором просил содействовать монахам-святогорцам, путешествующим в его владениях для сбора пожертвований, и назначил клаузулу в 10 тыс. флоринов. В 1512 г. Монферратский маркиз Вильгельм IX, внук преподобной Ангелины (Бранкович; не позднее 1447 – около 1520 гг.), побуждал христиан оказать помощь монастырю. Хотя на Ферраро-Флорентийском соборе 1438–1445 гг., где в 1439 г. была принята уния, ватопедский иеромонах Дорофей и игумен Великой Лавры Моисей подписали буллу папы Евгения IV (1431–1447 гг.), большинство афонских монастырей унию не признали. Монахи Великой Лавры и Ватопеда также вскоре отвергли определения Ферраро-Флорентийского собора и отказались признавать примат Римского папы. Сведений о составе владений Ватопеда в этот период сохранилось недостаточно. Монах Максим (в миру Мануил Хрисафис) передал Ватопеду монастырь во имя Живоносного Источника близ Мелника (1485 г.), митрополит Зихнийский Неофит – монастырь св. Параскевы, находившийся в его епархии (1558 г.) и т.д. В 1547 г. в Фессалонике ватопедские монахи приобрели за пять тыс. аспр строения, где разместили комплекс мастерских, стоимость которых в 1558 г. была оценена в одну тыс. золотых флоринов. Ватопед страдал от набегов пиратов (1436, 1571, 1586 гг. и др.) и от частых землетрясений (1456, около 1500, 1511, 1552, 1560, 1572, 1582, 1585 гг.). Нередко те или иные монастырские подворья конфисковывались за долги османскими властями (например, незадолго до 1519 г.). Султан Селим II (1566–1574 гг.) конфисковал все владения афонских монастырей с предоставлением права их выкупа монахами. Согласно вакуф-наме 1569 г., у Ватопеда остались владения в местностях Просфорион, Амулиани, Провлака, Ормилия, Исворос, Сидирокавсия, Агиос-Фокас, Ункапан, в сёлах Пантолеон и Агиос-Мамас, в Фессалонике, Серрах, Заверникии (окрестности Зихны) и в Мудросе на Лемносе. Однако в вакуф-наме перечислены не все владения Ватопеда (например, не указан монастырь Спилиотисса в Мелнике и др.). Точная сумма налогов, выплачиваемых Ватопедом османским властям в XV в., для исследователей остаётся неизвестной. В первой половине XVI в. афонские монастыри в общей сложности платили ежегодно 25–27 тыс. аспр (из них значительная сумма приходилась на Ватопед как на один из крупнейших монастырей). В 1550 г. сумма в 30 тыс. аспр, которую афонские обители должны были уплатить туркам, была распределена таким образом, что на Ватопед пришлось 3600 аспр, т.е. 12% (4 тыс. аспр должна была заплатить Великая Лавра, 3600 – Хиландар, остальные монастыри – значительно меньше). Монахи просили, чтобы с метохов брали не десятину, а аккордный налог (maktu). Иногда это удавалось при помощи высокопоставленных сановников Османской империи. Так, в 1508 г. при посредничестве валашского господаря Радула монастырь был обложен аккордным налогом в 697 аспр за подворье близ Фессалоники. Монастырские доходы в основном состояли из сумм, пожертвованных христианскими правителями, и от использования земельных владений и участков в городах, а также от рыбных ловлей и соляных разработок. Строительная деятельность этого периода была незначительной и сводилась, главным образом, к благодеяниям дунайских правителей. В 1492–1495 гг. на средства валашских господарей был сооружён параклис во имя Иоанна Предтечи, а в 1496 г. молдаванским господарем Стефаном III Великим (1429–1504 гг.) – арсанас (пристань с укреплениями). Благодаря щедрой поддержке валашского господаря Нягое Басараба (1512–1521 гг.) был покрыт свинцом кафоликон, восстановлена башня Богородицы (Панагии) и параклис в честь Пояса Пресвятой Богородицы, построены хозяйственные помещения (винный погреб, амбар, кухня, пекарня, баня и др.). Ежегодная денежная помощь в размере девяти тыс. аспр, предоставляемая Ватопеду Нягое Басарабом, была увеличена до десяти тыс. аспр господарем Владом Винтилэ (1532–1535 гг.). В 1552 г. ватопедские иноки Софроний и Неофит получили от Молдавского княжества 200 золотых флоринов и серебряную утварь, а в 1560 г. молдавский господарь Александр Лэпушняну (1552–1561; 1564–1568 гг.) передал Ватопеду приобретённое им в Фессалонике здание караван-сарая, а его супруга Роксана пожаловала монастырю несколько сёл. В знак благодарности ватопедские насельники подарили им одну из святынь монастыря – честную главу апостола Иоанна Богослова.