Сам Иоанн VI Кантакузин, намеревавшийся принять монашеский постриг в Ватопеде, посетил монастырь незадолго до 1341 г., подарив обители ряд замечательных иллюминированных рукописей и плащаницу; его сын, деспот Мореи Мануил Кантакузин (1330–1380 гг.) подарил яшмовый потир. После победы в гражданской войне 1341–1347 гг. Иоанн VI Кантакузин подчинил Ватопеду константинопольский монастырь в честь Богородицы Психосострии с его владениями. Особый статус монастыря привёл к тому, что Ватопед постепенно оттеснил Иверский монастырь и занял второе место в иерархии афонских обителей (первая попытка относится к 1322 г., но окончательно это положение было утверждено в 1362 г.). В Ватопеде в разное время жили деятели движения исихазма: Герман Марулис (ум. в 1336 г.), Григорий Палама (подвизавшийся в 1317–1320 гг. под руководством старца Никодима в келье вблизи Ватопеда), Савва Новый, Христа ради юродивый (ум. около 1349 г.), Филофей Коккин, будущий Константинопольский патриарх (в 1354–1355, 1364–1376 гг.). Ватопед был в числе монастырей, подписавших составленный Григорием Паламой (около 1339 г.) так называемый Святогорский Томос – изложение исихастского учения. Ватопедский игумен Григорий Кардамис (вторая половина XIV в.) известен как писатель (сохранились пять его посланий). Ватопедский проигумен Феофан (вторая половина XIV в., впоследствии митрополит Перифеориона) написал житие афонского подвижника Максима Кавсокаливита (ум. около 1365 г.). В 1409 г. в Ватопеде принял иноческий постриг и десять лет подвизался Макарий Макрис (ум. в 1431 г.), писатель (агиограф и антилатинский полемист), впоследствии игумен константинопольского монастыря Пантократор, протосинкелл Константинопольского патриарха, участник делегаций в Рим. Ватопед продолжал пользоваться особым вниманием византийской аристократии. Великий стратопедиарх Георгий Астрас пожаловал монастырю поля в местности Мудрос на Лемносе (1359 г.), великий стратопедиарх Димитрий Цамблак – поместье на р. Галликос (1362 г.), бывший протостратор Манассия Тарханиот – небольшой монастырь в Фессалонике, великий доместик Алексий Ласкарис Метохит – земельный участок около Агиос-Мамас (1369 г.), иеромонах Нифонт – церковь св. Иоанна Богослова с землёй и виноградником на Лемносе (1373 г.), иеромонах Игнатий Хортацис – недвижимое имущество в окрестностях храма великомученика Димитрия в Фессалонике (1375 г.). В середине XIV в. прилегающие к Афону области Македонии перешли под власть сербов. Стефан IV Душан хрисовулами 1346 и 1348 гг. освободил от налогов все владения Ватопеда, подтвердил прежние имения монастыря и подарил этой обители с. Агиос-Мамас близ Каламарии и земли, принадлежавшие прежде семье Музаки. Другие сербские правители (кесарь Воихна, деспот Иоанн Углеша, деспот Константин Драгаш) также пожаловали монастырю новые владения. Например, Иоанн Углеша передал Ватопеду подворье во имя св. Феодоров (современный Порто-Лагос) и рыбные ловли в оз. Пору (Вистонида; 1369, 1371 гг.). Около 1370 г. им был воздвигнут параклис во имя св. Бессребреников в Ватопеде (на месте часовни, построенной св. Саввой Сербским) и монастырская больница. В 1394 г. племянник Стефана Душана, царь Фессалии Иоанн Урош (в монашестве Иоасаф), сделал в Ватопеде пятикратный взнос для поступающих в какой-либо из афонских монастырей. В 1417 г. сербский деспот Стефан Лазаревич назначил монастырю ежегодное жалованье в 60 литр серебра из рудников Ново-Брдо и предоставил ватопедским монахам для проживания с. Копривница. О наличии во второй половине XIV в. монахов славянского происхождения среди ватопедской братии свидетельствуют славянские подписи на ряде документов: Феодосий Ватопедский (1366 г.); «последний в иноках» Феофан Ватопедский (1370 г.). В отличие от Великой Лавры, где активно протекала переводческая деятельность, о славянах-книгописцах в Ватопеде сохранились единичные сведения. Во время паломничества по святым местам (в 1419–1423 гг.) на Афоне побывал диакон Троице-Сергиевой лавры Зосима. В 1370 гг. из-за нехватки ресурсов для обороны страны деспот Фессалоники Мануил Палеолог (впоследствии император Мануил II; 1391–1426 гг.) конфисковал половину земельных владений афонских монастырей (в том числе Ватопеда) и раздал их военным в качестве пронии (феодального земельного владения). Сын Мануила II деспот Фессалоники Андроник (1415–1423 гг.) особенно любил Ватопед и, по преданию, собирался принять монашеский постриг в этой обители.