Несмотря на попытки Константинопольского патриарха Иеремии II и Александрийского патриарха Сильвестра, в Ватопеде и в большинстве афонских обителей в XVII в. утверждается идиоритмия. На протяжении XVII в. главным административным лицом монастыря являлся дикей. Постепенно существенные полномочия оказались сосредоточены в руках скевофилакса, который к концу столетия кроме хранения сокровищ и реликвий приобрёл широкие административные функции (титул игумена давался на короткий срок и не сопровождался реальной властью). Относительно числа насельников сохранились разноречивые сведения: в 1677 г. митрополит Самоса Иосиф Георгиринис упоминает о 300 монахах, а английский путешественник Дж. Кавел в том же году – о 350. В первые десятилетия XVII в. в Ватопед поселился приехавший с Запада учёный иеродиакон Симеон (Синесиос) Эланикос, владелец библиотеки рукописных и печатных книг, писатель и переписчик рукописей. В 1664 г. ватопедским иеродиаконом Акакием была составлена краткая повесть об этом монастыре. Ватопеду в 1619 г. трапезундским митрополитом был подарен небольшой монастырь (монидрион) св. Григория Нисского в Трапезунде, в 1626 г. Белградским митрополитом Серафимом – монидрион в Белграде, в 1635 г. Константинопольским патриархом Кириллом II Контарисом (1633, 1635–1636, 1638–1639 гг.) – монастырь Успения Пресвятой Богородицы близ Константинополя (переданный через два года Кириллом I Лукарисом (1620–1623, 1623–1633, 1633–1634, 1634–1635, 1637–1638 гг.) Иверскому монастырю), с 1654 г. – ряд имений в Мудании. Однако экономическое положение не всегда было стабильным из-за проблем, создаваемых турецкими властями. В 1610 г. Ватопед почти на столетие утратил кельи в области Стумбос на Святой Горе по причине задолженности 81 тыс. аспр сидирокавсийскому аге. В 1615 г. монастырь потерпел убыток в 10 тыс. аспр из-за вмешательства османского высокопоставленного чиновника. В 1651 г. из-за долга в 1260 грошей Ватопед утратил половину подворья в Кодзиносе на Лемносе. В 1694 г. по неизвестной причине монастырь находился в столь трудном положении, что Великое святогорское собрание решило простить ему долг в 400 грошей. Особую роль с XVII в. в экономике Ватопеда играют его придунайские подворья, предоставленные молдавскими правителями и вельможами. Первое большое подворье, переданное Ватопеду, – монастырь Голия в Яссах, пожертвованный вдовой великого логофета Иоанна Голия Анной (этот вклад был заверен в 1606 г. Молдавским митрополитом Феодосием Барбовским и господарем Иеремией Могилой). Затем Ватопеду были подарены монастыри св. Николая и Панагии в Орашул-де-Флоч (раньше 1628 и раньше 1630 гг.), вмч. Димитрия в Галаце (1640 гг., господарем Василием Лупу), Пречиста в Галаце (1646 г., купцом Феодором), Бэрбой в Яссах (1669 г., семейством Стурдза), Мира (1689 г., господарем Константином Кантемиром) и скит Грэждени близ Бырлада (1689 г.). В 1649 г. жена молдавского господаря Василия Лупу Екатерина получила исцеление от посланной из Ватопеда главы Иоанна Златоуста. Валашский господарь, мученик Константин Брынковяну утвердил ежегодное пожертвование на Ватопед в 21 тыс. аспр. Значение этих владений было настолько велико, что, начиная с середины XVII в., их игумены и позднее генеральные эпитропы избирались не из иеромонахов, а из архиереев, рукополагаемых для этого в титулярные епископы или митрополиты. Так, в 1670 г. ватопедский проигумен и игумен монастыря Голия Григорий был рукоположен в Лаодикийского митрополита и получил должность генерального эпитропа всех владений. В 1678 г. на его средства в Ватопеде был построен и расписан параклис во имя Богородицы Парамифии («Отрада» или «Утешение»). В 1683 г. кладбищенская церковь св. Апостолов была возобновлена и расписана на средства ватопедского скевофилакса Христофора. Другим источником ресурсов монастыря являлись пожертвования московских государей. В 1623 г. в Москву прибыл ватопедский игумен Никодим с мощами преподобного Михаила, епископа Синадского, и великомученика Прокопия. В ответ Московский патриарх Филарет (1619–1633 гг.) подарил ему «образ Спасителя, обложенный серебром, 40 соболей, камку и 15 рублей» (игумен Никодим решил остаться в России, в 1628 г. он был поставлен игуменом Угрешского Никольского монастыря, но в 1635 г. по его просьбе был отпущен обратно на Афон).