Нередко семейные оргии превращались в вертеп с приглашением высокопоставленных вельмож, их дам, куртизанок и поварят, к которым папа особенно благоволил. Разумеется, все фавориты и фаворитки папы были осыпаны милостями. Увлеченный празднествами, Пий VI отстал от времени и очнулся, когда войска революционной Франции оказались у границ Италии. Надеясь, что реакция восторжествует, он начал вести переговоры с Наполеоном, одновременно плетя интриги против Директории Франции. В Риме он даже организовал погромы проживавших там французов. Но победы Наполеона над Австрией и Италией заставили его трезво оценить реальность происходившего и искать ходы к замирению с агрессивным генералом. В конце 1797 г. в Риме вспыхнуло народное восстание против светской власти папы. Во время столкновений был убит французский генерал Дюфо. Французы использовали это убийство для вмешательства в римские дела и, разбив папское войско, оккупировали Рим. Папа был лишен светской власти, и в феврале 1798 г. была провозглашена Римская республика. Пий VI пытался скрыться в Тоскане, но был арестован и отправлен в крепость Валанс во Франции, где и умер, разбитый параличом.

Пий VII (Барнаба Луиджи, граф Кьярамонти; 14 марта 1800 г. – 20 августа 1823 г.). Неосторожно наградил титулом короля Франции графа Прованского, когда Бонапарт уже завоевал Италию, что привело его к конфликту с генералом. Напуганный успехами Бонапарта, Пий VII (с целью сохранения позиций церкви) подписал с ним конкордат, который превратил духовенство Франции в полицейский орган на содержании у государства, поскольку имущество церкви, конфискованное и распроданное во время революции, объявлялось собственностью новых владельцев. Этот конкордат действовал во Франции до 1905 г., когда по закону церковь отделилась от государства. В 1802 г. Бонапарт издал «Органические статьи», ставившие католичество под еще более жесткий контроль государства, издал декрет о роспуске всех религиозных орденов. Папу все это беспокоило, но он ничего не мог сделать. Более того, повинуясь Бонапарту, он прибыл в Париж на его коронацию 2 декабря 1804 г. В момент возложения императорской короны Бонапарт, как и десять веков назад Карл Великий, вырвал корону из рук папы и сам надел ее себе на голову. Затем он же возложил корону поменьше и на голову Жозефины. Тем самым теперь уже император Наполеон I подчеркнул, что не желает принимать корону из чьих-либо рук, и не обязан короной никому, кроме себе самому. Примечательно, что перед коронацией Жозефина хотела добиться, кроме гражданского брака, еще и церковного. Но Пий VII отказал в этом, а Наполеон и не настаивал, поскольку был якобинским генералом. Отказ Пия VII от участия в континентальной блокаде Англии привел к новому конфликту с Наполеоном, который в феврале 1808 г. захватил Рим, а Папскую область присоединил к Франции. Папа издал буллу об отлучении Наполеона от церкви. В ответ тот захватил в июле 1809 г. папу в плен и держал его во Франции до падения империи в 1814 г. После первого отречения Наполеона Пия VII освободили из плена, и в мае 1814 г. он возвратился в Рим. В августе папа возродил орден иезуитов и добился от Венского конгресса восстановления Папской области «навечно». Все, что было связано с французской оккупацией, ликвидировалось. Рвение к старому доходило до абсурда: были запрещены прививки оспы и освещение улиц, поскольку это считалось нововведением революционной Франции, восстановлена инквизиция, организовано преследование масонов и карбонариев – членов тайного общества, боровшихся за национальную независимость Италии, непримиримых врагов папства. К категории сторонников Франции были отнесены и евреи, у которых вначале отбирали имущество, а потом водворяли в гетто. В 1823 г. Пий VII неожиданно оступился дома, сломал бедро и умер на 81-м году жизни.