Вскоре возник новый конфликт в Парме, где с 1748 г. правили Бурбоны. Здесь две трети земель принадлежали церкви и не облагались налогами. Новый герцог, не видя других источников, обложил церковные владения налогом в пользу этого маленького государства и убедил в этом папу Бенедикта XIV. Климент XIII отменил решение предшественника – возник конфликт и с Пармой, которую поддержали Франция, Испания и  Неаполь, где также восседали представители династии Бурбонов. Они посчитали решение папы оскорбительным для себя и расценили это как желание церкви возвыситься над светской властью. Французские и неаполитанские войска заняли ряд папских провинций. Орден иезуитов запретили во Франции, Неаполе и Парме. При Карле III (1759–1788 гг.) иезуиты были изгнаны из Испании в 1767 г. с конфискацией имущества. Однако инквизиция здесь осталась, и Верховный трибунал инквизиции (Супрема) существовал до отмены его Наполеоном I Бонапартом в 1808 г. А пока изгнанники наводнили Италию и своими радикальными и компрометирующими действиями создавали угрозу самому папству. В папской курии произошел раскол, начались трения по отношению к ордену. Климент XIII метался от одной партии к другой до самой своей смерти.

Климент XIV (Джованни Винченцо Лоренцо Ганганелли; 19 мая 1769 г. – 22 сентября 1774 г.). Его выборы происходили в сложной обстановке. Конклав понимал, что если будет выбран сторонник иезуитов, то ведущие католические державы отойдут от Рима. Проголосовали 185 раз, пока не остановились на кардинале Лоренцо Ганганелли. Это был добродетельный человек с кротким характером, строгий к себе и снисходительный к другим. Будучи сыном врача, он получил иезуитское образование, но принадлежал к ордену францисканцев. Имея просвещенный и гибкий ум, не принимал участия в распрях при Клименте XIII. В 1758 г. он выступил против обвинения польских ересей в употреблении христианской крови в ритуальных целях. Конечно, материально связанный с иезуитами и зная их жесточайшую дисциплину, он не мог сразу отказаться от их субсидий и не опасаться за свою жизнь при ликвидации ордена. Поэтому практически весь его понтификат прошел в консультациях с противостоящими сторонами. Взвесив все «за» и «против», Климент XIV буллой 21 июля 1773 г. упраздняет Орден иезуитов как сеющий смуту в христианской церкви. Это  была победа Бурбонов, победа светского государства над притязаниями католической церкви на роль гегемона. Многие дворы Европы изгоняли иезуитов, а убежище они нашли только при православном Российском дворе Екатерины II (1762–1796 гг.) и протестантском дворе Пруссии при Фридрихе II. После уничтожения ордена иезуитов его члены проживали во Франции и Италии, но они находились под надзором полиции. Конечно, акция Климента XIV против иезуитов не осталась безнаказанной. Вскоре он скончался. Современники не сомневались, что его отравили.

Пий VI (Джованни Анджело, граф Браски; 15 февраля 1775 г. – 29 августа 1799 г.). Питал симпатии к иезуитам. Но этот папа был как бы воплощением прошлого в худших традициях на папском престоле. Возобновились оргии с участием папы, его сестры (одновременно и его любовницы), их сыновей (одновременно и фаворитов), незаконнорожденных детей папы. Пий VI даже поженил своих детей – сводных сестру и брата – и сделал их герцогами.