В нём говорится, что Макарий «избран и умолен и понужен бысть самем царем великим князем Иваном Василиевичем всеа Русии самодержъцем и всем священным Собором... по тому же 14 апостолскому правилу, поставлен бысть пятыи митрополит». Александр Александрович Зимин считал Макария ставленником придворной партии бояр Шуйских (в настоящее время исследователи больше склоняются к мнению о высоком авторитете Макария в Русской Церкви как об основной причине его возведения на митрополичий престол). В 1542 г. Макарий хиротонисал двух иерархов – своего преемника на Новгородской кафедре бывшего хутынского игумена Феодосия (1542–1551 гг.), а также Коломенского епископа Феодосия (1542–1555 гг.), бывшего архимандрита Новоспасского московского в честь Преображения Господня мужского монастыря, сменившего удалённого с кафедры при митрополите Иоасафе епископа Вассиана (Топоркова; 1525–1542 гг.), племянника преподобного Иосифа Волоцкого. В первые годы своего первосвятительства Макарий испытал на себе последствия борьбы боярских группировок при малолетнем государе. Позднее царь Иван IV Васильевич Грозный в первом послании князю Андрею Михайловичу Курбскому отмечал случай, когда сторонники Шуйских, к которым великий князь направил Макария, чтобы он заступился за схваченного ими боярина Фёдора Семёновича Воронцова, «митрополита затеснили и манатью на нем с ысточники изодрали» («Переписка Ивана Грозного с Андреем Курбским». М., 1981 г.; «Послания Ивана Грозного». СПб., 2005 г.). В декабре 1545 г., по сообщению «Летописца» начала царства (редакции второй половины 1550 гг.), ряд опальных бояр царь «пожаловал» вследствии заступничества за них митрополита («Полное собрание русских летописей», том 13). После совещания Ивана IV Васильевича с митрополитом о будущем браке 13 декабря 1546 г. и молебна 14 декабря попавшие в опалу сановники по «печалованию» Макария были великим князем прощены. В ноябре 1547 г. «по печалованию» Макария царём были прощены бежавшие в Великое княжество Литовское, но затем схваченные князь Михаил Васильевич Глинский с матерью и князь Иван Иванович Турунтай-Пронский («Полное собрание русских летописей», том 29). Став митрополитом, Макарий способствовал выходу страны из глубокого внутриполитического кризиса. Первым шагом в этом направлении было решение о царском венчании Ивана IV Васильевича. Царский титул был необходим, чтобы, в частности, утвердить представление об особой роли православной России на новом этапе мировой истории, которое разрабатывало иосифлянское духовенство. Как писал Макарий Василию III Ивановичу, «от вышняа Божиа десница поставлен еси самодержец и государь всея Русии, тебя, государя, Бог в себе место избра на земли и на свой престол вознес посади, милость и живот тебе поручи всего великого православиа». Вместе с тем это решение должно было повысить престиж монарха внутри России и укрепить его власть, что позволило бы прекратить конфликты среди политической элиты, нормализовать её отношения с населением. Макарий постоянно участвовал в совещаниях, предшествовавших венчанию, одним из них он руководил.