Для церкви великомученика Георгия в Подольской волости пошлины во владычную казну и десятинникам были заменены точно установленной суммой, которую причт должен был доставлять десятинникам при их приезде («Русская историческая библиотека», том 25). Архиерейство Макария исследователи характеризуют активным храмостроительством в его епархии, а также возведением зданий светского назначения. Уже в год поставления на кафедру 9 сентября Макарий освятил храм во имя апостола Филиппа на Нутной ул., при этом «на обедни простил Бог жену очима болну» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). 8 июня 1529 г. на Ярославовом дворище была освящена церковь во имя мученика Прокопия. По распоряжению великого князя в честь рождения княжича Ивана (впоследствии царь Иван IV Васильевич Грозный) в новгородском Детинце в 1532 г. была возведена деревянная церковь в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. 23 сентября 1532 г. были освящены новый придел церкви в честь Воскресения Христова на Павловой ул. и каменная Благовещенская церковь «во Офимъине монастыре» (6 октября), в последнем случае самим Макарием. В том же году 6 октября были освящены в Колмовом монастыре церковь во имя Пресвятой Троицы, 16 октября – деревянная церковь во имя святых Космы и Дамиана в Кузнецах на Гзени под Новгородом. Во время эпидемии чумы, начавшейся в октябре 1532 г. на Псковской и Новгородской землях, Макарий «нача учити игуменны и священники и всех людеи о покаянии» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3), «соборне и по всему граду, и по монастырем, и по околним погостом заповедал молебны и моления воспущати... со слезами... непрестанно день и нощь, и по всей ноугородцкои вотчине и псковской, службы и пения во святых церквах... Заповедати по всему Новгороду и окрест града, и по монастырем пост, от мала и до велика, мужи и жены, и старцы, и юноша, и младенцы, две недели от мяса и от млека, и от рыб, единою днем». Однако эпидемия только усиливалась. По распоряжению архиепископа после молебна в Софийском соборе 8 ноября была возведена обетная деревянная церковь во имя святого евангелиста Марка (посвящение было определено жребием на престоле Софийского собора). Поветрие прекратилось только 6 января 1533 г. При строительстве стены на Софийской стороне Новгорода в 1534 г. «примет городовой денежный» распространили «на архиепископа, и на священники, и на весь причт церковный, а доселе того не бывало» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). Строительство деревянных стен с башнями под руководством итальянского архитектора было начато 3 мая после крестного хода во главе с Макарием и молебна на городском валу. В 1536 г. подгородные пожни в Новгороде были отобраны у монастырей и церквей и отданы им в аренду за плату. Вместе с тем городские владения Софийского дома (Чудинцева ул. и Чудинцево Заполье) в 1537/1538 г. были освобождены от обязанности тянуть тягло «с черными людьми». 8 сентября 1536 г. архиепископ освятил в Новгороде церковь в честь Сретения Господня в Антониевом монастыре, 15 октября – церковь в честь Похвалы Пресвятой Богородицы в Детинце, в том же году была освящена церковь во имя святых Бориса и Глеба в Плотниках, 21 октября 1539 г. – Сретенская церковь «у Мироносиц на княжи дворе», построенная московскими гостями (купцами) Сырковыми, 12 сентября 1540 г. Макарий освятил каменную церковь с трапезной палатой во имя святого митрополита Алексия.