После поставления Макария великий князь Василий III Иванович возвратил ему казну Новгородских архиепископов, а также были посланы «бояре» для организации архиерейского двора. В псковском летописании отмечается решающая роль великого князя Василия III Ивановича при выборе кандидатуры нового архиепископа, причём особое значение при этом имела позиция Макария по вопросу о втором браке великого князя. В 1526 г., на праздник Рождества Христова, великий князь Василий III Иванович приезжал на богомолье в Тихвинский монастырь, «чтобы ему… Бог даровал плод чрева». Для совместной молитвы он вызвал в Тихвин Макария, который, «молебены соборне пев со игумены и священницы, и божественую литургию свершив о государьском здравии и всего православного хрестиянства», был отпущен в Новгород («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). Данное событие также указывает на особое доверие, которое оказывал великий князь Макарию за то, что тот, очевидно, поддерживал его в матримониальном вопросе. В 1526–1527 гг. новый архиепископ обратился с посланием к великому князю Василию III Ивановичу, добиваясь одобрения реформы монастырской жизни в своей епархии. Ко времени прибытия Макария на место служения на Новгородской земле было лишь четыре общежитийных монастыря – Юрьев новгородский мужской, Варлаамиев Хутынский в честь Преображения Господня мужской, Вяжищский во имя святителя Николая Чудотворца и Отенский близ Новгорода. Большинство новгородских монастырей были «особножитными», в них обычно проживало по несколько монахов. Получив одобрение великого князя и следуя постановлениям Московского собора 1503 г., Макарий в 1528 г. ввёл в монастырях Новгородской епархии общежительный устав, упразднил совместное пребывание монахинь и монахов в одной обители, переселив первых в несколько отдельных монастырей. После этого, по выражению летописи, «нача благодать множатися и все благочиние пребывати, и братия в монастыри начаша приходити» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). В результате местной монастырской реформы, по сообщению летописца, общежитийными стали 16 монастырей в Новгороде и окрестностях, численность братии в них увеличивалась. Обителям давались уставные грамоты, определявшие правила жизни в них (сохранилась грамота, выданная Макарием игумену новгородского Свято-Духова монастыря Тихону в 1526–1530 гг. – «Акты исторические», том 1). Преобразования монастырской жизни требовали немалых расходов. Необходимо было построить трапезные палаты для братии того или иного монастыря, а также возвести приходские храмы для мирян, которые раньше собирались на службу в «особножитные» монастыри. Долгое отсутствие в Новгороде архиерея способствовало укреплению патроната светских покровителей («уличан») храмов. Сохранившиеся грамоты Макария говорят о его стремлении облегчить положение приходского духовенства и оградить его от поборов со стороны десятинников (десятильников) – светских агентов церковной власти, о деятельности которых к середине XVI в. сложилось отрицательное мнение, отразившееся в царских вопросах Стоглавому Собору. Так, храм в одном из владений Соловецкого монастыря был освобождён и от пошлин во владычную казну, и от суда десятинников и сбора пошлин в их пользу («Акты социально-экономической истории Севера России», выпуск 1).