В том же году московское правительство провело денежную реформу, «а своему богомолцу архиепископу Макарию Великого Новагорода и Пскова и своим наместником и дияком повелеша те новые денги накрепко беречи, чтоб безумнии человеци ничего не исказили» («Полное собрание русских летописей», том 43). В мае 1537 г. Макарием и наместниками не был допущен в Новгород удельный князь Андрей Иванович Старицкий, стремившийся сделать этот город опорным пунктом борьбы за московский престол против малолетнего Ивана IV Васильевича. Архиепископ с собором духовенства ежедневно служил молебны «о устроении земском, и о тишине, и о государеве здравии», об избавлении христиан от «межусобные брани» («Полное собрание русских летописей», том 43). Занятая Макарием непримиримая позиция по отношению к князю Андрею Ивановичу Старицкому способствовала тому, что мятеж окончился неудачей. В феврале 1539 г. Макарий возглавил интронизацию нового предстоятеля Русской церкви митрополита Иоасафа (Скрипицына; 1539–1542 гг.), бывшего игумена Троице-Сергиева монастыря. Архиепископа в Москву сопровождал хутынский игумен Феодосий, один из кандидатов на митрополичью кафедру. Макарий дал Иоасафу повольную грамоту, в которой обещал новому митрополиту быть с ним и остальными епископами «во единой воли и хотении». В 1541 г. в Новгороде была получена грамота от Иерусалимского патриарха Германа с просьбой о материальной помощи; кроме того, два старца привезли святыни в дар владыке со Святой земли. В том же году в Новгороде был сильный пожар, во время которого пострадал торговый двор ревельских купцов; последовавшие с их стороны иски и разбирательства сопровождались апелляцией к архиепископу. В январе 1542 г. митрополит Иоасаф был сведён с первосвятительской кафедры пришедшей к власти партией бояр во главе с князем Иваном Васильевичем Шуйским. «Избранием святительскым и изволением великаго князя Ивана Василиевича всея Русии» на митрополию был наречён Макарий. 16 марта он был возведён на митрополичий двор, а в воскресенье, 19 марта, на четвёртой неделе Великого поста, была совершена интронизация Макария, которая, как предполагают исследователи, включала чин архиерейской хиротонии. В поставлении Макария участвовали Ростовский архиепископ Досифей, Суздальский епископ Ферапонт, Смоленский епископ Гурий, Рязанский епископ Иона, Тверской епископ Акакий, Коломенский епископ Вассиан (Топорков), Сарский и Подонский епископ Досифей (Забела), Вологодский епископ Алексий («Полное собрание русских летописей», том 13, том 20, том 29). В конце жизни Макарий писал о своем избрании: «...Мне же смиренному, на мнозе отрицающуся по свидетелству Божественных Писаний, и не возмогох преслушатися» («Полное собрание русских летописей», том 13). До Макария пять Московских митрополитов (после Геронтия; ум. в 1489 г.) были избраны из настоятелей монастырей. Макарий был пятым митрополитом, поставленным из архиереев, начиная с первого автокефального митрополита Ионы. Исследователи полагают, что при участии Макария и в связи с его поставлением на митрополию в «Сводную Кормчую», составленную при митрополите Данииле в 1530 гг., был включён на вставных листах комментарий к 14-му апостольскому правилу, которое предусматривает возможность перехода епископа с кафедры на кафедру, если это оправдывается нуждами церкви и совершается по приговору епископов («От повести поставления митрополитов всеа Руси». Российская государственная библиотека).