В 1531 г. архиепископ также посылал на мурманское побережье софийских клириков с миссионерской целью по просьбе лапландцев и по распоряжению великого князя. В 1533 г. Макарий отправил послание великому князю Василию III Ивановичу, где описал многочисленные проявления язычества, сохранявшиеся на обширных пространствах Новгородской епархии, прежде всего, среди угро-финского населения. Великий князь повелел «прелесть ону разорити и искоренити и просветити божественным учением» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). Отслужив молебен с клиросом в Софийском соборе, Макарий отправил с миссионерской целью в северо-западные районы своей обширной епархии иеромонаха Илию, священника домового храма Рождества Христова. Во главе с ним посланцы архиепископа (духовные и светские) разорили многие «молбища», их места окропляли святой водой, крестили немало язычников. О борьбе с языческими обычаями и языческим богослужением на западных землях Водской пятины с угро-финским населением свидетельствует также выданная Макарием миссионерам грамота от 25 марта 1534 г. Места языческого культа предписывалось «истребляти, огнем жещи», местное духовенство должно было воспитывать население, приучать его посещать храмы и следовать христианским обычаям. Даже языческим жрецам («арбуям») предписывалось «на поучение приходити», лишь в случае их упорного отказа следовало «имати» и «быть у государя в великой опале, а от нас в конечном изверженье». Однако последнее угрожало и тем священникам, которые не станут «попеченье имети» о своей пастве. Вторично Илия отправился с миссией к «чуди» в 1535 г. с поручением архиепископа «паче утвердити православныя веры, и в которых местех не был... и разоряти чюдские обычаи» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). Согласно «Житию Феодорита Кольского», составленному князем Андреем Михайловичем Курбским, этот подвижник также занимался христианизацией лопарей в устье реки Колы по благословению Макария, который, по сообщению этого памятника, рукоположил Феодорита во священника и сделал его своим духовником. Во время пребывания в Пскове в 1536 г. Макарий, узнав о тяжёлых условиях жизни помещённых в псковские и новгородские темницы татарских женщин (приведённых вместе с пленными мужьями, казанскими татарами), распорядился передать их священникам «и повеле их крестити во крестьяньскую веру, и бысть радость велия в людех о новокрещеных, и начаша их давати замуж, а оне к вере крестьянскои добры быша» («Псковская первая летопись»). С самого начала архиерейства Макарий руководил епархией в соответствии с распоряжениями великокняжеской власти (от лица нового великого князя Ивана IV Васильевича с конца 1533 г. действовало правительство Елены Васильевны Глинской). После кончины Василия III Ивановича 11 декабря 1533 г. по повелению, полученному из Москвы, Макарий совершил молебен «о государеве здравии». Осенью 1534 г. Макарий получил повеление от имени великого князя и его матери способствовать вызволению русских пленников из татарской неволи; собрав в новгородских монастырях 700 руб., он отправил деньги в Москву. С 10 по 28 января 1535 г. архиепископ был по вызову светских и церковных властей в Москве, где служил молебны в церквах и «печаловался» об опальных (по всей видимости, к тому времени относится послание к Макарию попавшего в опалу князя Андрея Михайловича Шуйского).