На основании присланных от великого князя грамот архиепископ и дьяки государевы установили решётки по улицам на Софийской стороне для безопасности в городе в ночное время (1528 г.). Ко времени святительства Макария в Новгороде относится описанная в летописи неудачная попытка поставить, по его замыслу, водяную мельницу на Волхове, для чего псковским мастером были устроены обложенные камнем пруды, однако весеннее половодье разрушило их. Под 1528 г. новгородское летописание сообщает о работах в Софийском соборе: по повелению Макария были изготовлены царские врата «с мудрыми подзоры», над ними был «поставлен» хрустальный крест, увеличено число икон в иконостасе, устроена новая катапетасма «от различных тафт». Архиепископ «самую чюдную икону святу Софию выше воздвиг, и цареградцкие иконы Всемилостивыи Спас Господь наш Исус Христос… и пелены от паволок устрои» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). Летописец дважды подчёркивает, что все иконы святитель «повеле по чину поставити». С именем Макария связано появление пророческого ряда в иконостасе. С наступлением весны над входом в собор были написаны фрески, изображающие Святую Троицу, ниже – Святую Софию, Премудрость Божию, Нерукотворный образ Спасителя и двух архангелов по сторонам «на поклонение всем православным христианом» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). В том же году архиепископ «поновил» главную новгородскую святыню – чудотворную икону Божьей Матери «Знамение», пребывавшую в Знаменском соборе на Ильине ул. Образ был украшен окладом. 20 октября 1528 г. Макарий проводил икону крестным ходом из Софийского собора на Торговую сторону Новгорода и «церковь свяща чесное Ея Знамение, понеи же церкви того лета понавливали; и чюдотворную икону постави в церкви святыа Богородицы и воздаша хвалу Богу и Пречистеи Богородице» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). В 1530 г. по повелению Макария был перелит «софейской еуфимевскои болшои» колокол для колокольни Софийского собора. Отлитие колокола, звон которого был «яко страшной трубе гласящи» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3), было приурочено к рождению наследника московского престола Ивана. В 1533 г. для Софийского собора был устроен амвон «велми чюден и всякие лепоты исполнен: святых на нем от верха во три ряды тридесять, на поклонение всем християном» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). Последующие работы по украшению Софийского собора вновь связаны с иконостасом. К Пасхе 1537 г. Макарий «у святеи Софеи болшои Деисус 13 икон обложи сребром и украси златом, и свещники пред ним позлащенные и со свещами повеле поставити, велми чюдно и лепо видети» («Полное собрание русских летописей», том 4, выпуск 3). В 1540 г. на праздник архангела Михаила Макарий вложил в Архангельский придел храма Входа Господня в Иерусалим (в новгородском Детинце) Евангелие с собственноручной вкладной записью. По повелению великого князя Василия III Ивановича Макарий в 1531 г. возвёл в архимандриты Юрьева монастыря архидиакона Силуана. В ноябре того же года государь прислал из Иосифова Волоколамского монастыря старца Феодосия, которого Макарий возвёл в сан игумена Варлаамиева Хутынского в честь Преображения Господня мужского монастыря.