22 апреля 1533 г. в Хутынском монастыре у мощей преподобного Варлаама Хутынского «загореся свеща сама, а никим же не возжена»; узнав об этом, архиепископ «повеле от того огня и воску тоя свещи послати к государю великому князю… еже и сотвориша, а отчасти архиепископ Макарей у себя оставил того же воску. И горела та свеща безпрестани день и нощь 9 недель, а не умалися» («Полное собрание русских летописей», том 13). Однажды во время богослужения Макария в Хутынском монастыре у мощей преподобного Варлаама исцелился внук племянника Новгородского архиепископа Геннадия (Гонзова; 1484–1504 гг.). Богослужению предшествовал традиционный крестный ход из Новгорода в обитель преподобного Варлаама (при Макарии у святых мощей угодников Божьих происходили и другие чудеса в епархии). Самая ранняя известная исследователям жалованная грамота Макария в 1527 г. была выдана игумену Соловецкого в честь Преображения Господня мужского монастыря Варлааму, архиепископ освободил приписанный к обители Петропавловский храм в Вирме от уплаты владычних податей («Акты социально-экономической истории Севера Руси», выпуск 1). После того как Соловецкий монастырь «згорел весь до основанья» в 1538 г., Макарий, находясь в Москве (очевидно, на интронизации митрополита Иоасафа (Скрипицына)), «поминал» о нуждах обители, и в марте 1539 г. от имени Ивана IV Васильевича  й была выдана жалованная грамота, в частности, на владения в Поморье («Акты социально-экономической истории Севера Руси», выпуск 1). Тогда же в Новгороде для Соловецкого монастыря мастером Семёном по благословению Макария были изготовлены башенные часы (часть механизма, колесо-шестерня с датой, именем заказчика и мастера, хранится в музее «Коломенское» (Музей-заповедник «Коломенское»)); в монастырской вкладной книге указано, что «митрополит Макарей дал 50 рублей, да книгу Никон в пятнацать рублев, да зделал часы болшия» (Государственные музеи Московского Кремля. Вкладная книга Соловецкого монастыря. См. акже: «Соловецкий монастырь: Из архива архитектора-реставратора П.Д. Барановского». М., 2000 г., том 1). Архиепископ также делал книжные вклады в Соловецкий монастырь. В псковской части епархии его положение осложнялось тем, что духовенство пользовалось широкой автономией, архиерей мог пребывать в Пскове лишь краткое время и не каждый год. У Макария в Пскове были сторонники. Так, высокие оценки его деятельности отмечены в Погодинском списке «Псковской первой летописи» (так называемый свод 1547 г.): «Сед же святыи на архиепископьском столе, и бысть людем радость велиа, не токмо в Великом Новегороде, но и во Пскове и повсюде. И бысть хлеб дешов, и монастырем легче, и людем заступление велие, и сиротам кормитель бысть». 26 января 1528 г. Макарий впервые прибыл в Псков, где попытался установить контроль своего наместника за перемещениями и поставлением игуменов, попов и диаконов (которые должны были соответствовать определённому уровню нравственности и иметь ставленнические грамоты). Но архиепископ, как полагают исследователи, не смог добиться поставления достойных людей священниками в Пскове. В царских вопросах Стоглавому Собору сообщалось, что владычный наместник в Пскове берёт деньги за выбор кандидата в священники с недостойных людей («по Крещении Господни» в 1536 г. Макарий вновь посетил Псков).