В коптской традиции почитание Меркурия и предание об убийстве им императора Юлиана Отступника имели большую популярность. Этот сюжет присутствует уже в «Истории Александрийской Церкви» (конец V в.; см. в ст. «История Александрийских патриархов») и в «Хронике» Иоанна, епископа Никиуского (VII в.). Исследователи отмечают, что коптские источники о Меркурии многочисленны. Мученичество Меркурия, переведённое с греческого языка близко к оригиналу с присоединением рассказа об убийстве императора Юлиана, сохранилось в пяти рукописях (самая ранняя датируется IX в.). Также засвидетельствованы два энкомия, приписываемые епископу Акакию Кесарийскому: краткий, представляющий собой адаптацию Мученичества для решения гомилетических задач, и пространный, в котором также описаны посмертные чудеса (исследователи встречают их и отдельно в рукописях). Ещё один энкомий входит в коптский цикл текстов, приписываемых Василию Великому. В Египте культ Меркурия получил особое распространение после арабских завоеваний, как считает Л. Макколл, в связи с тем, что мученик благодаря сюжету с императором Юлианом стал восприниматься как защитник христиан от иноверцев. В частности, об этом свидетельствует участившееся использование имени Меркурий среди верующих. В арабской традиции Меркурий получил прозвище Абу Сайфайн (Отец [с] двумя мечами: один меч указывает на смерть самого мученика, второй – на убийство императора Юлиана). На арабском языке исследователям известны как переводы сохранившихся коптских текстов (Мученичества, энкомия Акакия Кесарийского), так и другие произведения: сборники чудес, гомилия о перенесении части мощей Меркурия в Каир коптским патриархом Иоанном XIII в 1488 г., приписываемая Римскому патриарху Архелиду гомилия о перенесении мощей Меркурия в церковь его имени в Риме. В копто-арабском Синаксаре (XIII–XIV вв.) основное сказание о Меркурии приводится под 25 хатура (21 ноября). Его отличительной чертой исследователи называют сюжет с антропофагами-кинокефалами (см. Кинокефалия): дед Меркурия был съеден двумя такими существами, а отец спасён ангельским вмешательством, после чего кинокефалы, приручённые по божественной воле, стали христианами и не покидали отца Меркурия, а позднее сопровождали святого в военных экспедициях. Об убийстве Меркурием императора Юлиана Синаксарь упоминает неоднократно: под 2 бауна (27 мая), 10 хатура (6 ноября), а также под 9 бабеха (6 октября) – в сказании о святом папе Римском Либерии, который, согласно этой версии, вместе с Василием Великим отправился из Кесарии в Антиохию, чтобы обличить Юлиана. Папа был заключён в темницу и также оказался свидетелем явления Меркурию. В одной из редакций Синаксаря под 9 бауна (3 июня) отмечена память перенесения мощей Меркурия в Каир (1488 г.). В календаре Абу-ль-Бараката (XIV в.) память Меркурия отмечена под 25 абиба (19 июля), когда в копто-арабском Синаксаре значится освящение церкви его имени (очевидно, в Старом Каире). Исследователи отмечают, что о популярности культа Меркурия в коптской среде свидетельствует и тот факт, что в копто-арабском Синаксаре этим именем назван мученик-мим, известный в византийской традиции как Порфирий, пострадавший 15 сентября (18 тута).