Исследователи отмечают, что подавляющее большинство изображений Меркурия в русском искусстве позднего Средневековья ростовые. На них он представлен воином в доспехах, с оружием в руках. Так, на крышке раки для частиц мощей апостола Варнавы, мученика Анфима и Меркурия (1598/1599 гг., Государственные музеи Московского Кремля) Меркурий-воин изображён с опущенным мечом в правой руке и с воздетым крестом в левой руке – жест, символизирующий выбор великомучеником воинства Христова. Начиная с середины XVI в. образ Меркурия-воина часто включали в программу церковных росписей, как правило, размещая среди фигур на гранях столбов. В Спасо-Преображенском соборе Спасского монастыря в Ярославле (1563/1564 г.) он представлен на северо-западном столбе в среднем ярусе как юный воин в доспехах и в плаще; он опирается на меч в правой руке, в левой копьё, украшенное прапором. В росписи Смоленского собора Новодевичьего монастыря (1598 г.) святой написан в нижнем ярусе на северной грани юго-восточного столба (по мнению Лидии Сергеевной Ретковской, это образ мученика Меркурия Смоленского) – он юный и безбородый, вооружён копьём, мечом и небольшим восьмигранным щитом за левым плечом. В том же соборе Меркурий в доспехах, с копьём изображён в паре с великомучеником Феодором Тироном на северной стене в откосе окна (нижний ряд, среднее окно, восточный откос; живопись поздняя). В росписи 1652–1666 гг. Архангельского собора Московского Кремля, повторяющей программу и рисунок росписи 1564/1565 г., фигура Меркурия находится на юго-западном столбе, на южной грани в третьем ярусе, над образом мученика Христофора; Меркурий молод, безбород, в воинских доспехах, в правой руке держит крест, в левой – меч, за левым плечом – щит. Изображение Меркурия исследователи нередко встречают на столбах и в оконных откосах в росписи храмов второй половины XVII в., ориентированной на Кремлёвские соборы Москвы. В Успенском соборе в Ростове (1659, 1670–1671 гг.) Меркурий представлен в третьем ярусе сверху на западной грани юго-восточного столба. Если в византийском искусстве Меркурия изображали часто в паре или рядом с мучеником Прокопием Кесарийским, в поствизантийском – с великомучеником Иаковом Персянином, то в русской традиции исследователи встречают разнообразные варианты расположения святых на столбах соборов: например, Меркурий представлен вместе с мучеником Мардонием Никомидийским во втором ярусе на северной грани юго-западного столба в росписи Троицкого собора Ипатиевского монастыря (1685 г., артель под руководством Гурия Никитина). Образ Меркурия включён в роспись: Троицкого собора Спасо-Иаковлевского Димитриева монастыря в Ростове (1689 г.) – в первом ярусе на западной грани северного столба; церкви апостола Иоанна Богослова в Ростове (1683 г.) – в оконном откосе южного окна верхнего света на западной стене; Успенского собора Троице-Сергиевой лавры (1684 г.) – в западном откосе западного окна верхнего света на южной стене.