На примере житийных источников о преподобном Серафиме Саровском Д.С. Мережковский критикует и отвергает православный идеал святости как морально и религиозно устаревший. Он утверждает примат коллективного спасения перед личным спасением в эпохе «третьего завета» и предлагает понимание «соборности» как множественного «любовного единения» между членами будущей Иоанновой церкви (Записки Петербургских религиозно-философских собраний. М., 2005 г.). Учение о святости плоти связано у Д.С. Мережковского с проблемой полов. По его мнению, подобно тому как два завета должны согласоваться в «третьем завете», а плоть и дух – воссоединиться в одно целое, так и человек, изначально сотворённый разделённым на мужчину и женщину, должен воссоединиться в андрогине – божественном двуполом существе (Тайна Трех. Египет-Вавилон. М., 2005 г.). Исследователи отмечают, что на проблему полов в «религии» Д.С. Мережковского значительное влияние оказала гендерная философия В.В. Розанова, который узрел в Божестве характерное «органическое сцепление», «горы и пропасти». В книге «Иисус Неизвестный» Д.С. Мережковский изображает Сына Человеческого андрогином (М., 1996 г.), а Святую Троицу рассматривает как Отца, Сына и Матерь-Духа; духовное значение Третьей Ипостаси ассоциируется у него с Богородицей. В книге «Тайна Трёх» (Прага, 1925 г.), посвящённой проблеме пола, Третья Ипостась также обозначена Д.С. Мережковским как лицо женское. Он признавал онтологический динамизм христианства, которое представлялось ему как этап в череде появления и умирания многих исторических религий; постулировал необходимость развития старых и принятия новых догматов. Творчество, являясь одной из духовных областей «плоти мира», согласно Д.С. Мережковскому, является одним из признаков святости, поэтому, по его мнению, церкви надлежало бы открыто признать духовное значение творчества и святость творца. Церковь историческая в системе триединства Д.С. Мережковского не имеет места. Факт того, что в революционной ситуации 1905 г. Русская церковь осталась на стороне самодержавия и отнеслась к «освободительному движению» как к внутриполитической смуте, оттолкнул писателя от мысли реформировать историческую церковь. В доктрину его «религии» был внесён императив – либо расторжение «антиканоничного» и «преступного» союза Русской церкви и самодержавия, либо сакрально новая церковь. Возглавление Русской церкви в христианском государстве православным самодержцем Д.С. Мережковский считал цезарепапизмом, узурпацией власти над церковью, и потому русский царь представлялся ему антихристом. Д.С. Мережковский призывал к публичному отказу Русской церкви от поддержки самодержавия и его внутренней и внешней политики, предлагал церкви совершить сакральный акт «развенчания», расторжения связей между православием и самодержавием. Наилучшей формой правления, по мнению Д.С. Мережковского, является теократия, идея которой логически следует из учения о «третьем завете», эпохе унитарного религиозного сознания общества, над которым стоит церковь и которое само целиком есть эта церковь. Исследователи отмечают, что теократия Д.С. Мережковского отличается от теократии ветхозаветного Израиля (управления Бога Своим народом) и от теократии В.С. Соловьёва.