В 1701–1720 гг. в ходе секуляризационных реформ царя Петра I у монастыря, по мнению исследователей, конфисковали населённые части вотчины, оставив ему только пустоши. В документах 1706–1710 гг. фиксируется отсутствие у Клобукова Кашинского монастыря десятинной пашни, поступлений оброчного хлеба в этот период также не было. Взамен изъятых земель игумен с братией стали получать из Монастырского приказа денежное жалованье. Сумма жалованья игумену и братии (14 человек) на 1707 г. составляла по 58 руб. 26 алтын 4 деньги в год, для церковных нужд – на свечи, ладан и церковное вино – 20 руб. 28 алтын 2 деньги в год, всего – 79 руб. 21 алтын 4 деньги. В 1710 г. для 20 насельников выделялись средства из суммы, собранной приказом с бывших монастырских вотчин, в уменьшенном размере – 45 руб. 10 алтын и хлебного жалованья по 100 четвертей на год. При этом в ведомости доходов архиерейских домов и монастырей, подчинённых Монастырскому приказу и «не определенных содержанием», в 1706–1710 гг. указывается иная сумма доходов обители – 90 руб. 50 коп. Подмонастырская слобода приходила в упадок, местные жители разорялись из-за мздоимства чиновников приказа и многочисленных государственных повинностей. Если в 1678 г. в переписных книгах учтено 73 двора, то в 1709 г. – 38 и один двор нищих. При учреждении штатов в 1764 г. остававшиеся за Клобуковым Кашинским монастырём вотчинные крестьяне с закреплённой за ними монастырской землёй перешли в ведение специального учреждения Коллегии экономии. Клобуков Кашинский монастырь был причислен к заштатным, находившимся на «своекоштном» содержании. За монастырём было официально закреплено 22 пустоши. Также числилось десять спорных пустошей, владельческие права на пользование которыми Клобукову Кашинскому монастырю не удалось доказать в суде. К этому времени братия получала содержание в размере 37 руб. 63 коп., ржи – 98 четвертей, ячменя – 56, овса – 40, пшеницы – 8 четвертей 6 четвериков, гороха – 4 четверти 4 четверика, конопли – 5 четвертей, масла коровьего – 5 четвертей, яиц – 10 штук, круп – 7 четвертей 10 четвериков в год. «Бесспорные» пустоши сдавались в аренду в конце XVIII в. за 173 руб. 10 коп. в год. Также сдавались в оброк: монастырская мельница на берегу реки Кашинки за 110 руб. в год, каменные амбары кашинским купцам под склады – за 60 руб. В 1798 г. по указу императора Павла I монастыри стали наделяться угодьями и «милостынными деньгами» для улучшения материального положения. Клобуков Кашинский монастырь к этому времени располагал пашней, лугами и лесом площадью 1473 десятины 1882 сажён, а также мельницей, поэтому братия стала получать только «милостынные деньги», ежегодно 300 руб. ассигнациями. В конце XIX в. земли, находившиеся во владении Клобукова Кашинского монастыря, использовались под огороды, покосы, а 871 десятина земли сдавались в аренду. В 1896 г. Клобуков Кашинский монастырь получил арендной платы 4744 руб. 25 коп., кроме того – 40 четвертей ржи и 10 четвертей овса, использовавшихся целиком на нужды монастыря. Также в монастырских лесах заготавливалось около 50 кубометров дров. В двух прудах, один из которых находился в пяти верстах от монастыря по Угличской дороге, близ села Введенского, второй – в 15 верстах, при селе Вязовец, братия разводила рыбу.