Приделы были отделены от основного пространства храма деревянной оштукатуренной стеной. Стены церкви были выкрашены в голубой цвет, расписаны фресками на библейские сюжеты. Основной иконостас, резной, с колоннами, был отделан червонным золотом на полимент. Иконостасы в приделах выкрашены зелёной масляной краской, резьба и колонны позолочены. Деревянные полы в церкви выкрашены охрой. В 1888 г. была возведена каменная колокольня (четыре аршина): шпиль покрыт белым листовым железом, крыша и карнизы – простым железом, выкрашенным медянкой, железный крест вызолочен. Под колокольней были устроены входные св. ворота и часовня. С южной стороны Алексиевской церкви, рядом с братским корпусом, находилась деревянная келья, в которой, по преданию, начинал свой иноческий подвиг преподобный Макарий Калязинский; над ней устроен деревянный шатёр, покрытый железной кровлей, окрашенной медянкой. В 1903 г. шатёр был заменён часовней, в ней находилась келья, где хранились старинные деревянные крест, аналой и подсвечник. В 1710 г. в Клобуковом Кашинском монастыре были каменные, крытые тёсом настоятельские кельи с двумя погребами. Исследователи полагают, что они были построены в конце XVII в. В 1764 г. в описи упоминалось здание «об одном партаменте, в них 4 покоя; в середине сени, напротив келья дневальная, в ней кладовой чюлан. В той келье каменной погреб, в сенях каменная кухня... Над крыльцами две светелки деревянные, крыты тесом» (Российский государственный архив древних актов). В 1879 г. здание настоятельских келий было надстроено вторым, деревянным этажом, к концу XIX в. кельи покрыли железной крышей и окрасили медянкой. С 1710 г. в обители были так называемые старые деревянные кельи настоятеля. В 1764 г. они были «ветхие... в них три покоя, да кладовой чулан, под ними погреб, да две келии у показанных келий сени с перегородкою, оное покрыто тесом. Да при тех сенях построена каменная келья, в ней два покоя да кладовой чулан. При ней кухня каменная ж. Все оное строение крыто тесом». В 1823 г., после введения общежития, численность братии увеличилась, поэтому монастырь получил разрешение преобразовать деревянные настоятельские кельи в братские, надстроить второй этаж, а также использовать для нужд братии каменную пристройку. В 1890 г. здание покрыли железной крышей. В описи 1764 г. упоминается келья казначея с каменным погребом (Российский государственный архив древних актов). В описи 1710 г. упоминаются три старые деревянные братские кельи, а также новые деревянные – «двойни» и др., двухэтажная – «двойня», обе покрыты дранкой. В 1764 г. имелись две крытые тёсом кельи, «в середине их сени. В них 4 чюлана» (Российский государственный архив древних актов). В 1812 г. тёсовые крыши келий были перекрыты. В 1818 г. при осмотре Клобукова Кашинского монастыря благочинный установил, что ветхие братские кельи вследствие сырости нуждаются в серьёзном ремонте, в 1890 г. крышу над кельями сделали железной. В конце XIX – начале XX вв. интерьер каменных братских келий, находившихся у ограды с северной стороны, рядом с Покровской церковью, был перепланирован: с северной стороны устроен коридор, а с южной – семь келий. Трапезная, кухня и кладовая, расположенные на одной линии с братским корпусом, были покрыты железной крышей, которую окрасили медянкой.