Кроме ктиторского креста, который содержит фрагмент Честного и Животворящего Креста Господня, в монастыре хранятся части мощей апостолов Андрея Первозванного, Варнавы и Филиппа, великомучеников Георгия Победоносца, Димитрия Солунского, Иакова Персянина, Мины и Меркурия, великомучениц Марины и Параскевы, святителей Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Иоанна Милостивого, патриарха Александрийского, Модеста, патриарха Иерусалимского, Фотия, патриарха Константинопольского, Григория Паламы, мученика Трифона, священномучеников Игнатия Богоносца и Харалампия, преподобного Игнатия Агаллиана, митропролита Мифимнского, преподобномучеников Евфимия Нового из Димицаны, Игнатия и Акакия Нового из Нивори, новомучеников Димитрия Пелопоннесского и Феодора Византийского. Чтимыми иконами в монастыре являются образ великомученика Георгия Победоносца, по преданию принесённый волнами к обители во время гонений иконоборцев, и икона Божьей Матери «Одигитрия», которая находится в новом соборе у левого клироса. Она с незапамятных времён хранилась в соборе Ватопедского монастыря, но в 1730 г. чудесным образом переместилась в монастырь преподобного Ксенофонта. Ватопедские насельники решили, что кто-то похитил икону, и начали повсюду разыскивать её. Наконец, они обнаружили «Одигитрию» в монастыре преподобного Ксенофонта, иноки которого не знали о происхождении иконы из Ватопеда. Они поведали о неожиданном появлении иконы в их соборном храме и беспрекословно отдали её законным владельцам. Ватопедские монахи поместили «Одигитрию» на прежнем месте и приставили сторожей, чтобы следить за иконой. Но, несмотря на их старания, образ Божьей Матери снова сам собой перенёсся в монастырь преподобного Ксенофонта. Ватопедцы не стали больше сопротивляться воле Пресвятой Богородицы и оставили икону на избранном Ею месте. По разрешению ксенофонтских монахов ватопедские насельники снабжали «Одигитрию» свечами и лампадным маслом. Книжное собрание и архив погибли во время пожара 1817 г. Евангелие, подаренное монастырю императором Алексеем I Комнином, было увезено в 1837 г. в Великобританию лордом Р. Керзоном. В настоящее время библиотека насчитывает 10 тыс. печатных и 204 рукописные книги, из которых 27 манускриптов относятся к византийскому периоду (из них три пергаменных кодекса и два свитка). В.Г. Григорович-Барский отмечал, что в монастыре было много сербских и болгарских рукописных книг. Из лицевых рукописей уцелели: «Лествица» (XVI в.) с заставками неовизантийского стиля, Псалтирь (1747 г.) с инициалами и заставками, в которых сочетаются традиции неовизантийского стиля и принципы готической иллюминации, с обыгрыванием мотива двухглавых орлов. Славянская рукопись лицевого Четвероевангелия на пергамене (1554 г.) содержит образы Евангелистов и великомученика Георгия; византийские по иконографии иллюстрации помещены на красные фоны с золотым орнаментом, восходящим к европейским рукописям и гравюрам. Вкладная надпись, расположенная на обороте миниатюры перед Евангелием от Луки, упоминает дату вклада и имя вкладчика – Йоан Александру, «господарь земли молдавской» (Александру III Лэпушняну).