Другой ксенофонтский постриженик, иеромонах Кирилл, в 1809 г. возглавил монастырь преподобного Дионисия, который в 1805 г. стал киновией. В османском документе 1815 г. упомянуты подворья монастыря преподобного Ксенофонта в Каламарии и на полуострове Касандра, близ современного городка Касандрия, владения на полуострове Ситония (чифтлик и виноградник в Айос-Николаос и расположенное недалеко от них пастбище, зимнее пастбище в Сикье, два виноградника в Никити и ещё один – к северу от этой деревни, а также церковь в Метангици), рыбные садки в Комице, рядом со Святой Горой, зимнее пастбище и подворье с башней в окрестностях Иерисоса, земельный участок и виноградник в Извороне (ныне Стратоники) на полуострове Халкидики, владения на Лемносе. После пожара 24 февраля 1817 г., уничтожившего большую часть монастыря (новый архондарик, резиденцию игумена, монашеские кельи, ризницу и больницу), восстановление монастыря преподобного Ксенофонта начал бывший Самоковский митрополит Филофей, поселившийся здесь на покое. Он выделил значительную сумму на строительство кафоликона, который так же, как и старый кафоликон, был посвящён Георгию Победоносцу. В 1820 г. Ираклийский митрополит Мелетий подарил монастырю церковную утварь и богослужебные книги. Восстановительные работы были прерваны Греческой национально-освободительной революцией 1821–1829 гг., в которой ксенофонтские монахи принимали активное участие. Монах Гедеон был одним из близких сподвижников Эммануила Паппаса, руководителя антитурецкого восстания на полуострове Халкидики. 10 апреля 1821 г., в день Пасхи, старец Хрисанф Ксенофонтский, находившийся по делам монастыря в Константинополе, принял мученическую смерть от турок. В мае 1821 г. монах Ксенофонт и эконом Дамиан были убиты по приказу османских властей в Фессалонике. Кроме них пострадали также ксенофонтские трапезарь Неофит, монах Исаак и старец Ксенофонт (ум. между 1822 и 1829 гг.). Когда восстание Э. Паппаса было подавлено, в афонских монастырях были размещены турецкие гарнизоны. Иноки монастыря преподобного Ксенофонта со святынями бежали на подворье на острове Скопелос, игумен Игнатий переселился в скит Благовещения, где умер в декабре 1821 г. В 1830 гг. восстановление монастыря продолжил игумен Никифор из Кими на острове Эвбея. Кладка стен кафоликона была завершена в 1835 г., кровля монастыря – после 1837 г. В XIX в. у монастыря преподобного Ксенофонта появились новые владения: мастерские и источник св. воды в Константинополе, дом игумена Паисия и оливковая роща на Лесбосе (проданные в 1842 и 1859 гг.), подворье и посадки оливковых деревьев на острове Тасос (часть которых была продана монастырю Зограф в 1862 г.). В 1863 г., во время реформ, предпринятых Александром Йаном Кузой, были конфискованы владения монастыря в Румынии, и это нанесло обители большой материальный урон. С 1830 гг. число насельников монастыря преподобного Ксенофонта стало увеличиваться: 53 человек в 1834 г., 67 – в 1846 г., 93 – в 1873 г., 134 – в 1884 г. В ХХ в. монастырь преподобного Ксенофонта вместе с другими афонскими обителями пережил период упадка, вызванный национализацией в 1920 гг. его владений на полуострове Халкидики в связи с размещением малоазийских беженцев. Возрождение монастыря началось с заселения в 1976 г. братией Большого Метеорского монастыря под руководством игумена Алексия. В 1992 г. часть монашеской общины переселилась в Ильинский скит монастыря Пантократор. В 1998 г. был торжественно отмечен 1000-летний юбилей монастыря. В настоящее время численность братии монастыря преподобного Ксенофонта составляет 40 человек, игумен – архимандрит Алексий.