Поддерживали монастырь преподобного Ксенофонта и господари Молдавии: например, в 1787 г. Александр Ипсиланти передал монастырю доход от соляных разработок. О владениях монастыря преподобного Ксенофонта исследователям известно мало, т.к. его архив, содержавший сведения до конца XVIII в., утрачен. Из актов других монастырей известно о пограничных спорах монастыря преподобного Ксенофонта с Дохиаром в XVI–XVII вв., которые не смогло решить даже размежевание границы Константинопольским патриархом Тимофеем II в 1620 г. Когда в 1661 г. «Великая Средина» (собрание 20 афонских игуменов) была вынуждена продать монастырям келлии в Карее, монастырь преподобного Ксенофонта купил келлии великомученика Димитрия Солунского и Парфенуди, но впоследствии перепродал их Ватопеду. В середине XVII в. были укреплены монастырские фортификации, и надстроены верхние ярусы надвратной башни (до 1660/1661 г.) и внешней башни (1667/1668 г.). В 1663 г. в монастыре преподобного Ксенофонта подвизалось 50 человек в стенах монастыря и 60 анахоретов в принадлежащих ему келлиях. В «Проскинитарии» Иоанна Комнина (1698 г.; издано в 1701 г. в Бухаресте) говорится, что монастырь преподобного Ксенофонта был населён сербскими и болгарскими иноками, а иезуит Франсуа Браконнье в 1706 г. упоминает о болгарских монахах. В 1725 г. Василий Григорьевич Григорович-Барский писал, что прежде монастырь преподобного Ксенофонта был сербским монастырем, «ныне же с греки смесишася», а службы ведутся на болгарском и греческом языках. По словам путешественника, монастырь был так же «убог», как и соседний Пантелеимонов, но имел «своя кораблеця и мрежа». Во время посещения монастыря преподобного Ксенофонта в 1744 г. В.Г. Григорович-Барский снова отмечает его оскудение, упоминает о большом долге и о том, что иноки «от нужды разбегошася», кроме трёх – четырёх человек. Около 1776 г. за долги у монастыря была отобрана драгоценная утварь и 5775 пиастров. Незадолго до 1784 г. долг достиг 25 тыс. пиастров. Монастырь преподобного Ксенофонта был одним из афонских монастырей, который после долгого периода особножительства перешёл на общежительный устав (1784 г.). Первым игуменом после этого преобразования был избран иеромонах Паисий Кавсокаливит, который уговорил богатого константинопольского торговца Д. Сканависа помочь монастырю с уплатой долгов. Игумен Паисий при помощи ризничего Констанция и архимандрита Захарии отремонтировал монастырь и расширил его территорию в северо-западном направлении. Игумен Паисий сделал монастыри Преображения Господня и св. Иоанна Предтечи на острове Скопелос подворьями монастыря преподобного Ксенофонта. Он также обогатил монастырскую библиотеку своей коллекцией книг и передал монастырю преподобного Ксенофонта мощи, большая часть которых была подарена ему Александром Маврокордатом, сыном господаря Николае Маврокордата. Когда в 1803 г. Пантелеимонов монастырь тоже был преобразован в общежительный, его игуменом был избран иеромонах Савва из ксенофонтского скита Благовещения Пресвятой Богородицы.