В остальных корпусах находились кельи и хозяйственные постройки. В северной части вплотную к стенам располагался кафоликон; его купол и три купола над лити господствуют над ансамблем. С южной стороны собор был окружён пристройками с арочными очертаниями на фасадах, к его алтарю примыкает однокупольная церковь. На печатных иконах XIX в. с Чудом великомученика Георгия о змии фигурная композиция дополняется общим видом обители с башнями, ярусными стенами и разной высоты куполами. Северо-западная часть комплекса, возникшая в результате расширения монастырской территории в 1799–1802 гг., имеет правильные очертания, близкие к квадрату. Ограда в южной части, построенная заново после пожара 1817 г., включает братские корпуса и, сужаясь, спускается почти до линии прибоя. На стороне, выходящей на море, в стенах устроены балконы. В центре верхнего монастырского двора находится новый кафоликон (1830 гг.), крупнейший из соборов афонских греческих монастырей (по размеру его превосходят только главные храмы русских Андреевского и Ильинского скитов) и при этом повторяет древний тип афонского храма: крестово-купольный, с ребристым центральным куполом и четырьмя малыми куполами – над боковыми апсидами алтаря и западными камерами наоса, с тремя куполами – над литийным притвором, полосатой византийской кладкой, арочными очертаниями прясел на фасадах, двумя ярусами окон, разделённых отливом-карнизом. Внутреннее убранство было богатым, обильно использовался мрамор, что также восходило к византийским и афонским традициям. Для изготовления мраморных комплексов церковного убранства был привлечён известный мастер, резчик по мрамору с острова Тинос А. Литрас, с помощниками. Они создали мраморную преграду (темплон) – в 1845–1847 гг., киворий над престолом – в 1857 г. и балдахин над игуменским местом – в 1857 г. Фрески кафоликона выполнены монахом Лукой Ксенофонтским и другими насельниками монастыря. К северо-западу от кафоликона в 1864 г. была воздвигнута пятиярусная колокольня. Южнее нового кафоликона располагается небольшой двухэтажный храм 1809 г., фасады которого выложены чередующимися слоями белой каменной кладки и красного кирпича, – парекклисион Успения или Введения во храм Пресвятой Богородицы (на нижнем этаже парекклисион апостола Иоанна Богослова; 1809 г.). Рядом расположена новая ризница (1998 г.). Другие парекклисионы в стенах монастыря посвящены великомученице Евфимии, св. бессребреникам Косме и Дамиану, Успению Пресвятой Богородицы, первомученику Стефану, св. Апостолам, святителю Нектарию Эгинскому и Святой Троице. К юго-западу от монастыря расположен кладбищенский храм Святой Троицы (1817 г.). Владения монастыря преподобного Ксенофонта включают скит Благовещения Пресвятой Богородицы, келлии мученика Трифона и Нектария Эгинского, а также келлию-конак апостола Андрея в Карее и четыре кафизмы (три из них – в окрестностях монастыря). Подворья монастыря находятся на полуострове Касандра, на полуострове Ситония, на оострове Скопелос, в Афинах (Неа-Иония). Недавно близ озера Керкини был построен женский монастырь св. Иоанна Предтечи, который тоже является подворьем монастыря преподобного Ксенофонта. Благовещенский скит расположен на холме к востоку от монастыря. Отшельники селились здесь издавна, но организованную форму это монашеское поселение приобрело только в 1753 г. Кириакон скита был построен незадолго до 1757 г. и украшен фресками в 1766 г. мастерами Константином и Афанасием из Корицы (ныне Корча, Албания). В 1896 г. была возведена колокольня, в 1900 г. на месте старого был построен просторный лити. В Благовещенском скиту был принят в лоно церкви через таинство миропомазания преподобномученик Акакий Новый из Нивори (ум. в 1816 г.). Здесь также останавливались греческие писатели Александрос Пападиамантис и Александр Мораитидис.