В начале XX в. воззрения В.А. Кожевникова претерпели существенные изменения, связанные с его изучением трудов отцов и учителей церкви и истории церкви. Внешней, но не менее важной причиной этих изменений стало знакомство с московскими «славянофилами» Фёдором Дмитриевичем Самариным, Михаилом Александровичем Новосёловым, а также со священником П.А. Флоренским и с протоиереем Сергеем Николаевичем Булгаковым, с которыми у В.А. Кожевникова со временем сложились дружеские отношения. В 1905 г. В.А. Кожевников вошёл в созданный Ф.Д. Самариным «Кружок Москвичей» – объединение русских патриотов-государственников, выходцев из знатных аристократических семей России, которые, оставаясь верными монархии, относились отрицательно к непосредственному участию в развернувшейся партийно-политической борьбе в России и считали крайне опасными любые попытки изменения государственного устройства в условиях революционного времени. В сохранившейся переписке В.А. Кожевникова с Ф.Д. Самариным наряду с вопросами организационными и церковными о свободе совести и веротерпимости и др. обсуждались богословские проблемы: в частности, в письме от 26 июля 1907 г. В.А. Кожевников излагал свою точку зрения на теорию догматического развития, а в письме от 1 сентября 1911 г. – на вопрос о необходимости и границах историко-критического анализа книг Священного Писания. В 1907 г. В.А. Кожевников стал одним из учредителей и деятельных членов «Кружка ищущих христианского просвещения», в работе которого в той или иной мере принимали участие Ф.Д. Самарин, епископ Феодор (Поздеевский), священник П.А. Флоренский, Борис Павлович Мансуров и священник Сергей Павлович Мансуров, протоиерей С.Н. Булгаков, Иосиф Иванович Фудель, Евгений Николаевич Трубецкой, Владимир Францевич Эрн, Фёдор Константинович Андреев и др. В.А. Кожевников разделял убеждение учредителей, что участников кружка должна объединять «церковная дружба», а также что необходимо дистанцироваться от политической проблематики и, в первую очередь, от практикуемых в ней методов дискуссии. Участники кружка своими основными задачами считали: 1) возвращение к святоотеческому наследию и разработку современного православного богословия для борьбы с влиянием западной рационалистической теологии на русское богословие и церковную жизнь и с распространением в России атеистического и социалистического мировоззрения; 2) необходимость православного просвещения народа и интеллигенции, в особенности молодёжи. Наряду с лекциями, публичными обсуждениями проблем христианской веры и жизни и интенсивной личной перепиской участников кружка в рамках созданной «Религиозно-философской библиотеки» выходили три серии научно-популярных и духовно-просветительских изданий.