По мнению исследователей, эти взаимоотношения, если судить о них по связанной с частыми разъездами многолетней переписке, имели в основе как общее признание истинности фёдоровского учения «о воскрешении мёртвых», так и существенные расхождения в его понимании и толковании. Немалое значение для разногласий имели, с одной стороны, личные качества – авторитаризм учителя, его сложный характер, настороженное, а порой несправедливое отношение к своим ученикам, с другой – особенности воззрений учеников, которые быстро переросли ученичество и считали правильным своё понимание как «общего дела», так и предлагаемых средств его немедленного осуществления. Н.Ф. Фёдорова связывали с В.А. Кожевниковым не только идейная близость и работа по подготовке к публикации рукописей философии «общего дела», в своём помощнике Н.Ф. Фёдоров ценил редкое бескорыстие, образованность и литературное дарование, добросовестность и трудолюбие. В.А. Кожевников, подобно Н.Ф. Фёдорову, был самоучкой, любил, как и он, книги, ещё в Европе начал покупать редкие издания и собрал богатую библиотеку, которую в конце жизни передал в дар Румянцевской библиотеке. Под влиянием учения Н.Ф. Фёдорова В.А. Кожевников написал статьи: в 1893 г. – «Плач церквей Московских»; брошюру «Бесцельный труд, «не-делание» или дело? Разбор взглядов Эмиля Золя, Александра Дюма и графа Л.Н. Толстого на труд»; в 1899 г. – «Северно-русские думы и впечатления»; в 1900 г. – «Обыденные храмы в Древней Руси». Также были опубликованы: в 1897 г. – поэма «Лука Элладский»; в 1898 г. – стихотворения «Любовь погибает», «Призыв» с посвящением Н.Ф. Фёдорову (в изменённом виде с краткой статьёй Н.Ф. Фёдорова о В.А. Кожевникове переиздано в 1899 г.), «Цель жизни»; в 1899 г. – «Жить или не жить», «Христос и грешница» с посвящением Василию Дмитриевичу Поленову, «Вакхическая песнь»; в 1900 г. – «Фридрих Ницше»; в 1901 г. – «На сторожевом валу», «Цена жизни». Некоторые стихотворения В.А. Кожевникова нравились Н.Ф. Фёдорову, особенно «Призыв». Н.Ф. Фёдоров не питал иллюзий относительно веры В.А. Кожевникова в предлагаемый им проект «воскрешения мёртвых». Об этом свидетельствуют письма Н.Ф. Фёдорова к В.А. Кожевникову, написанные в 1901 г. и в марте-апреле 1902 г., в том числе и не отправленные адресату. В письме 1901 г. он упрекал В.А. Кожевникова в «непонимании» учения о воскрешении, в том, что В.А. Кожевников не отличает «чудесного воскресения (сторонником которого был В.А. Кожевников) от воскрешения всеобщего, совершаемого естественно, разумным путем знания и дела». В 1902 г. Н.Ф. Фёдоров писал, что «в неверии Вл. Александровича в это учение я никогда не сомневался», что В.А. Кожевников «стыдится учения о воскрешении» (Из материалов к третьему тому «Философии общего дела» Н.Ф. Федорова), что «он верит лишь в чудо и никакой логики не признаёт...». Поводом к ссоре и прекращению на несколько месяцев отношений между Н.Ф. Фёдоровым и В.А. Кожевниковым стала статья В.А. Кожевникова «Очерки современного католицизма» (1901 г.), не содержащая никаких признаков сочувствия В.А. Кожевникова к «папизму», но воспринятая Н.Ф. Фёдоровым чуть ли не как измена православию. Незадолго до смерти Н.Ф. Фёдоров передал В.А. Кожевникову свои рукописи для их публикации в будущем.