Во время бескоролевья (1586–1587 гг.) после смерти Стефана Батория князь К.К. Острожский сотрудничал с канцлером Яном Замойским, поэтому, несмотря на то что Константин Константинович Острожский был готов оказать поддержку в борьбе за польский трон царю Фёдору Ивановичу, в итоге он поддержал шведского принца Сигизмунда Вазу, убеждал запорожских казаков признать его королём. В последующие годы отношения князя К.К. Острожского с Яном Замойским испортились. Будучи великим гетманом и канцлером Короны Польской, Ян Замойский оказался в конфликте с Сигизмундом III, который стремился противопоставить ему могущественный род Острожских. В 1593 г. Сигизмунд III назначил Януша Острожского на высший пост в государстве – каштеляна краковского. Это был первый случай, когда магнат «русского» происхождения занял эту должность, связанную с исконно польскими землями. Самый младший сын князя К.К. Острожского Александр стал тогда волынским воеводой. Эти назначения ухудшили отношения Острожских с Яном Замойским. Представители обоих родов до 1601 г. соперничали в споре о владениях и влиянии на украинских землях. Имущественный конфликт был причиной раздора между Янушем Острожским и Кшиштофом Косинским, одним из вожаков запорожских казаков. Личная ссора переросла в казацкое восстание (декабрь 1591 г. – февраль 1593 г.), во время которого казаки под предводительством Кшиштофа Косинского грабили имения шляхты и магнатов на украинских землях, в том числе владения Острожских. Войска Острожских и их сторонников подавили восстание, победив казаков в битве под Пяткой в феврале 1593 г. В начале 1590 гг. Константин Константинович Острожский вернулся к осуществлению планов унии между православной и католической церквами, что было вызвано продолжавшимся кризисом православной церкви в Речи Посполитой. Магнат поддержал кандидатуру Ипатия Потея как епископа Владимиро-Брестского. Ипатий Потей, ещё будучи мирянином, был известен проуниатской деятельностью (обсуждал проект унии с патриархом Иеремией II в 1589 г.). В июне 1593 г. князь К.К. Острожский послал Ипатию Потею письмо с пожеланием, чтобы православные архиереи предприняли действия для заключения унии с католиками. Князь предполагал, что Ипатий Потей представит его предложения на Соборе Киевской митрополии, как полагают исследователи, не состоявшемся. Константин Константинович Острожский хотел провести переговоры об объединении церквей при участии православных патриархов, в первую очередь, Константинопольского, и православных правителей: русского царя, господарей молдавского и валашского. По мнению исследователей, князь объединял религиозную унию с созданием антиосманской лиги христианских государств. В концепции Константина Константиновича Острожского уния была также связана с проведением реформ в православной церкви, в первую очередь, школьной реформы, чтобы ликвидировать, как он писал Ипатию Потею, «большую грубость в духовных». По мнению князя К.К. Острожского, уния не должна была нарушать традиционного православного уклада.