Более ранние, прямоугольные, вытянутые по оси «восток-запад», имеют перевязку с кладкой прилегающих стен. Над ними выложены квадратные в плане опоры, не связанные с кладкой. Эта особенность, считают исследователи, появилась после случившейся на завершающем этапе строительства (вероятно, при возведении сводов) катастрофы. Разрушение потребовало быстрой переделки. Исследователи полагают, что поэтому была изменена форма опор, поставленных на месте прежних, но более широких в направлении «север-юг». М.Х. Алешковский предположил, что именно к собору монастыря относится летописное известие под 1378 г. о падении сводов в неназванной, почти достроенной коломенской церкви, которая была основана великим князем Димитрием Донским («Полное собрание русских летописей», том 8; это известие помещено перед сообщением об освящении Троицкой церкви в Серпухове 15 июня; сразу после сведений о храмоздательстве близ южных границ помещён рассказ о побоище на Дону с войском темника Мамая). Западная грани восточных столпов были перекрыты каменной стенкой алтарной преграды, следы контура которой сохранились на северной стене четверика; её ширина была равна ширине храма. В восточной части собора вместо трёх апсид лишь две. Тип двухапсидного храма неизвестен исследователям в русской архитектуре до конца XV в. Необычным исследователи считают и изначальное устройство главной апсиды. Фундамент юго-восточного пилона заходит далеко в пространство алтаря, рядом с ним сохранились остатки древней кладки (как полагают исследователи, аркосолия или гробницы другой формы). О декорации собора исследователям известно только, что на внешних фасадах отсутствовал профилированный цоколь, характерный для раннемосковского зодчества. Сохранились также основания галереи, окружавшей собор. Здание собора скупо упоминается в писцовых описаниях 1577/1578 г. как каменное. Гораздо больше сведений об утвари и интерьере. Богоявленская церковь имела убранство, сравнимое с интерьером городского Успенского собора. К местной иконе Богоявления было приложено 14 золотых, из которых две последних были подарены царём Иваном IV Васильевичем и епископом Коломенским Савватием; среди других украшений – шёлковая пелена с крестом и 17 серебряными чеканными дробницами с изображениями праздников. Многие иконы в иконостасе были написаны на золоте, имели серебряные венцы. Епископ Феодосий, возглавлявший Коломенскую кафедру в середине XVI в., вложил деревянные резные золочёные царские врата со сценой «Благовещение» и с образами четырёх евангелистов. В иконостасе храма помимо икон местного ряда было три ряда с иконами на золоте. Здесь находилось более дюжины пядниц с изображениями Пресвятой Богородицы. Это могли быть некогда семейные иконы, о чём свидетельствуют многочисленные полудрагоценные камни, жемчуг и женские украшения (серёжки), серебряные и медные золочёные оклады, тканевые приклады (пелены, покровцы). Среди икон исследователи находят примечательной пядницу с образами св. воинов Феодора Стратилата и Феодора Тирона, видимо, мозаичную, к ней была приложена золотая цепочка и пелена. К числу личных святынь, вложенных в монастырь, принадлежали также «воротные иконы» (нательные), резанные из древесины южных пород («синолоя» и кипариса), кресты и панагии.