В начале XX в. в коломенском Старо-Голутвине монастыре была вновь восстановлена архимандрития. В 1900 г. в монастыре числилось шесть иеромонахов, четыре иеродиакона, восемь монашествующих, семь послушников, 25 человек «на испытании», в 1908 г. – 25 монашествующих, восемь послушников и 47 человек «на испытании». В 1909–1911 гг. монастырём управлял архимандрит Варнава (Накропин), с апреля 1912 г. – почитаемый оптинский старец схиархимандрит Варсонофий (Плиханков), затем – архимандриты Алексий (Кузнецов; 29 мая 1913 г. – декабрь 1916 г., с перерывом в марте-сентябре 1916 г.), Амвросий (1917 г. – март 1918 г.), Леонид (с марта 1918 г.), Синезий (Зарубин), Никон (Беляев; август 1925 г. – 1929 г.). С середины 1920 гг. монахов стали выселять из келий. По воспоминаниям В.С. Шароновой, оставшаяся братия некоторое время проживала в подвалах под зимним храмом, обогревалась печами-времянками. В 1929 г. обитель была окончательно закрыта, архимандрит Никон и монахи отправлены в ссылку. В монастырских помещениях разместили артиллерийские склады, а около 1930 г. устроили общежитие для рабочих Коломзавода. В 1947 г. было разрушено гульбище Богоявленского собора, пострадала и монастырская ограда. В 1948 г. отдел по делам архитектуры при исполкоме Мособлсовета не позволил сломать часть башен и монастырской ограды, что способствовало сохранению исторической территории обители. В 1960 гг. руководство Коломенского тепловозостроительного завода предлагало городским властям отреставрировать монастырские постройки за счёт предприятия и разместить в них музей, но эта инициатива поддержки не получила. В 1986 г. комплекс зданий обители был передан центру социальных инициатив (ЦСИ) «Отечество», занимавшемуся работой с подростками. В зданиях конюшенного двора разместился столярный цех, в каретном сарае – кузница, в соборе – склад, в Сергиевской церкви – спортзал. В 1993 г. Коломну и бывший монастырь посетил патриарх Алексий II; начались восстановительные работы в обители, территория которой была передана Московской епархии. 18 декабря 1994 г. состоялось официальное открытие коломенского Старо-Голутвина монастыря. Первую литургию отслужил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков). С декабря 1994 г. в монастыре возобновлены регулярные богослужения. В 1994–2001 гг. игуменом был Кирилл (Федотов), в 2001–2007 гг. – Григорий (Щелкунов). С 2007 г. монастырь возглавлял Варлаам (Горбунов). В 1995 г. в коломенский Старо-Голутвин монастырь переведено Московское епархиальное духовное училище, в 1996 г. преобразованное в Коломенскую духовную семинарию. В 1998 г. с территории обители были выведены мастерские ЦСИ «Отечество», а в освободившихся помещениях разместились кельи для послушников, склады, столярная мастерская и гараж. В 1996 г. в Сергиевский храм было проведено отопление, что позволило начать богослужения. В том же году митрополитом Ювеналием (Поярковым) была освящена надвратная церковь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы. К 2007 г., к празднованию Дня славянской письменности и культуры, завершились основные работы по восстановлению монастыря: выполнены реставрационные работы в Богоявленском соборе, который 15 мая был освящён митрополитом Ювеналием (Поярковым), а также в Сергиевской церкви, в колокольне с Введенской церковью, в настоятельском и других корпусах.