Западный и восточный братские корпуса также были отреставрированы и использовались для нужд Коломенской духовной семинарии. В октябре 2012 г. здания восточного братского, западного гостиничного корпусов и ряд других построек переданы Коломенской семинарией в ведение обители. Учебное заведение было переведено в новый комплекс зданий Коломенской духовной семинарии с домовой церковью во имя Трёх святителей, располагающийся на территории бывшего монастырского сада. Монастырь имеет подворья: Троицкий и Сергиевский храмы – в селе Саввине Егорьевского района Московской области; Троицкий и св. Иоанна Предтечи – в посёлке Удельная Раменского района Московской области. В Богоявленском соборе находятся мощи священноисповедника Феодосия (Ганицкого), епископа Коломенского (ум. 3 мая 1937 г.), которые 6 мая 2006 г. были обретены и перенесены в коломенский Старо-Голутвин монастырь. В храме преподобного Сергия Радонежского находятся четыре ковчега с частицами мощей св. Иоанна Предтечи, апостолов Андрея Первозванного, Матфея и Иакова, святителей Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Николая Чудотворца, великомученика Георгия Победоносца и др. Во Введенском надвратном храме хранятся частицы мощей святителей Филарета (Дроздова), Игнатия (Брянчанинова), Луки (Войно-Ясенецкого) и др., а также частицы от гробов преподобномучениц великой княгини Елисаветы и инокини Варвары, блаженной Матроны Московской. В окрестностях монастыря, близ устья реки Москвы, современные археологические изыскания выявили следы человеческой деятельности различных эпох, начиная с мезолита. Архитектурные сооружения появились с момента основания монастыря, в определении даты которого есть расхождения. Некоторые исследователи считают важным посвящение основного престола монастыря празднику Богоявления (6 января старого стиля) и рассматривают это как дополнительный аргумент для отнесения основания обители и закладки Богоявленского собора к концу 1385 – началу 1386 г. Уже по документам и письменным источникам XV–XVI вв. исследователям известно, что собор был каменным; свидетельства его строительства есть в рукописях Жития преподобного Сергия (так называемой Пахомиевской рукописи и житийной рукописи XV в., хранящейся в Троице-Сергиевой лавре). Николай Николаевич Воронин на основании анализа этих записей считал, что первый собор был деревянным, но в камне был построен при Григории (до 1389 г.). Наиболее важные сведения о начальном периоде строительства собора были получены в ходе архитектурно-археологических работ 1969–1970 гг. под руководством Бориса Львовича Альтшуллера и Марка Хаимовича Алешковского. Они обследовали небольшой четырёхугольный обвод из камней в виде фундамента в подвале собора, который Николай Дмитриевич Иванчин-Писарев упоминал как место заложения камня преподобным Сергием Радонежским. Его изучение показало, что церковь принадлежала к типу небольших белокаменных храмов с четырьмя пристенными опорами и была подобна церкви Рождества Пресвятой Богородицы в селе Городня Тверской земли (1391 г.) и храму в Бобренёвом монастыре, а больше всего – Никольской церкви в селе Каменском (вторая половина XIV в., ныне Наро-Фоминский район). Основания пристенных опор (пилонов) в углах четверика собора лежат на двух уровнях.