На пятом ярусе монастырской колокольни для чудесно явленного колокола была устроена дополнительная звонница. Игумен Назарий был похоронен в склепе Богоявленского собора. Среди почитаемых насельников исследователям известен затворник схимонах Иоанникий (1784 г. – 10 марта 1851 г.), подвизавшийся в Восточной башне обители и погребённый близ Богоявленского собора. По преданию, схимонах Иоанникий спас Коломну от холеры. В 1848 г. в городе разразилась эпидемия, горожане обратились к схимнику за советом. Старец благословил крестный ход из монастыря по всему городу и избрал днём «всенародного моления с крестным хождением» четверг перед праздником Пятидесятницы (так называемый Семик) – день, который многие жители Коломны обыкновенно проводили на шумных гульбищах и в питейных домах. «И не в настоящую только годину бедствия, – добавил схимник, – но всякий год торжественно молитесь Богу в этот день, для того испросите разрешение установить крестный ход на вечные времена». По молитвам подвижника и горожан пошёл сильнейший дождь с грозой, и эпидемия прекратилась. В знак благодарности граждане Коломны украсили драгоценным окладом (700 руб.) икону Успения Пресвятой Богородицы в монастырском Богоявленском соборе. Впервые крестный ход был совершён в 1849 г. по благословению митрополита Филарета (Дроздова). Святитель составил последование для его проведения. 29 июля 1865 г. по ходатайству почётного гражданина Коломны Давида Ивановича Хлудова самостоятельность Бобренёвой обители была восстановлена. Д.И. Хлудов пожертвовал ей новые угодья, а земли, принадлежавшие Бобренёву монастырю до 1764 г., были оставлены за коломенским Старо-Голутвином монастырём, который отнесли к третьему классу. Большая заслуга в благоустройстве коломенского Старо-Голутвина монастыря принадлежит также игумену Сергию (Свешникову; 1867–1871 гг.), бывшему казначею Угрешского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря (впоследствии архимандрит Ново-Голутвина монастыря). С 1860 гг. при коломенском Старо-Голутвине монастыре действовало училище для мальчиков из окрестных сёл, рассчитанное на 90 учеников. В 1871 г. братия избрала настоятелем иеромонаха Варлаама (Худобина; с 1879 г. – игумен; ум. 25 июля 1883 г.). Игумен Варлаам устроил одну из лучших в Коломенском уезде богадельню для престарелых иноков. Монастырь содержал и странноприимный дом. В 1879 г. за обителью были закреплены 50 десятин земли при селе Пирочи Зарайского уезда Рязанской губернии, пожертвованные купеческой женой Е. Щукиной; монастырь увеличил угодья и приобрёл две рощи. К 1908 г. он владел 256 десятинами земли, к 1916 г. капитал обители составлял 257463 руб. На рубеже XIX и XX вв. коломенский Старо-Голутвин монастырь возглавил игумен Иоасаф, который основал при монастыре церковноприходскую школу. Школа размещалась в специально выстроенном здании и содержалась на средства монастыря; заведующим и попечителем был настоятель, законоучителем – священник Василий (Горский), учителем – Алексей Петрович Скворцов, помощником – С.В. Зернов.