Последний ответ Т. Картрайту со стороны епископалов был дан спустя 20 лет, когда выдающийся англиканский теолог Ричард Хукер (1554–1600 гг.) в пространном сочинении «О законах церковной организации» («Of the Lawes of Ecclesiastical Politie»), над которым он работал больше 15 лет и которое осталось незавершённым, подробно проанализировал и подверг богословской критике содержание всех созданных Т. Картрайтом в ходе полемики с Дж. Уитгифтом произведений. С начала 1574 г. положение пуритан в Англии становилось всё более тягостным и опасным: правительством и епископами была начата специальная программа «очищения» Церкви Англии, в ходе которой всех проповедников допрашивали об их религиозных взглядах; в случае обнаружения у них симпатий к пуританизму и их нежелания отказаться от пресвитерианских взглядов по приговору Высокой комиссии они лишались права проповедовать. Активные действия властей привели к упадку английского пуританизма, длившемуся до середины 1580 гг. Многие пуритане в этот период, как и Т. Картрайта, переселились в континентальную Европу; те, кто остались в Англии, избегали любых публичных выступлений, т.к. их результатом могло стать тюремное заключение. Осознавая невозможность скорого возвращения в Англию, Т. Картрайт избрал местом пребывания в Европе Гейдельберг, который стал при покровительствовавшем кальвинистам курфюрсте Пфальца Фридрихе III Благочестивом (1559–1576 гг.) ведущим центром реформатской религиозности и учёности. После проходившей в конце 1560 гг. в Гейдельберге острой дискуссии по вопросу о церковной дисциплине (см. в ст. Эрастианизм) религиозная и общественная жизнь города при поддержке курфюрста была реформирована по образцу кальвиновской Женевы. Таким образом, Т. Картрайт мог наблюдать в Гейдельберге полную реализацию тех церковно-административных принципов, которые он отстаивал в споре с Дж. Уитгифтом. Подробные сведения о пребывании Т. Картрайта в Гейдельберге не сохранились. По мнению исследователей, Т. Картрайт желал получить в Европе степень доктора теологии, которой не смог добиться в Англии. 25 января 1574 г. его имя было внесено в матрикул теологического факультета Гейдельбергского университета. В число преподавателей факультета в это время входили многие крупные теологи-реформаты, развивавшие богословские идеи Ж. Кальвина: Иероним Занкий (1516–1590 гг.), Каспар Олевиан (1536–1587 гг.), Захариас Урсин (1534–1583 гг.), Франциск Юний (1545–1602 гг.), Эммануил Тремеллий (1510–1580 гг.) и др. Общение с ними оказало серьёзное влияние на развитие богословских взглядов Т. Картрайта (следы их влияния исследователи видят в его последующих сочинениях). В Гейдельберге Т. Картрайт осуществил перевод с латыни на английский язык изданного анонимно сочинения «Полное и ясное изложение на основании Слова Божия церковной дисциплины и уклонения от неё Английской Церкви» («Ecclesiasticae disciplinae, et Anglicanae ecclesiae ab illa aberrationis, plena ex verbo Dei, et dilucida explicatio», 1574 г.), автором которого традиционно признаётся единомышленник и соратник Т. Картрайта по пуританской деятельности теолог Уолтер Траверс (ум. в 1635 г.). Перевод был опубликован в 1574 г. с предисловием Т. Картрайта.