Воспользовавшись как поводом открытыми нападениями на епископов нескольких фанатиков, не связанных с Т. Картрайтом и пуританами, власти начали кампанию против пуритан; так, в числе прочих был арестован и допрошен друг Т. Картрайта Эдуард Диринг (ум. в 1576 г.), который после следствия был лишён занимаемой им должности проповедника в лондонском Соборе св. Павла. Сходным образом устранялись с церковных должностей и многие другие пуританские проповедники. Узнав от своих покровителей о том, что власти Лондона готовят его арест, Т. Картрайт спешно покинул Англию (по мнению исследователей, в момент выпуска подписанного епископом и мэром Лондона ордера на его арест от 11 декабря 1573 г. Т. Картрайт был уже на пути в Европу). После бегства Т. Картрайта из Англии его литературный спор с Дж. Уитгифтом продолжался. В качестве ответа на «Возражение» Т. Картрайта Дж. Уитгифт задумал создать новое обширное сочинение, в котором намеревался полностью разгромить аргументы Т. Картрайта. В переписке Дж. Уитгифт заявлял, что работа Т. Картрайта отличается «вопиющими пропусками, ложными ссылками на авторов, вздорными и недопустимыми интерпретациями Писания и учителей»; Т. Картрайту, по его словам, недостаёт логического искусства, умения вести рассуждение, вообще образованности и начитанности. Вследствие этого Дж. Уитгифт посчитал своей обязанностью подробно разобрать весь текст Т. Картрайта до мельчайших частей. Желая при этом отразить весь ход дискуссии, Дж. Уитгифт избрал для нового произведения особую форму: разделил его на Предисловие и 23 тематических Трактата; в каждом разделе последовательно приводились: 1) фрагмент из «Увещания»; 2) разбирающий его фрагмент из «Ответа» Дж. Уитгифта; 3) направленный против аргументации Дж. Уитгифта фрагмент «Возражения» Т. Картрайта; 4) ответ Дж. Уитгифта на «Возражение» Т. Картрайта. Начав работу над сочинением летом 1573 г., Дж. Уитгифт смог завершить её к февралю 1574 г., когда трактат был издан под названием «Защита Ответа на Увещание, направленная против Возражения Т(омаса) К(артрайта)» («The Defense of the Answere to the Admonition, against the Replye of T. C.»). Поскольку в сочинении Дж. Уитгифта вследствие его особой структуры представлен весь ход полемики вокруг «Увещания», исследователи считают его наиболее важным источником сведений о полемике; все идейные расхождения, существовавшие между английскими епископалами и пресвитерианами в 1570 гг., рассмотрены здесь в систематической, последовательной и удобной для исследовательского анализа форме. Ответом Т. Картрайта на «Защиту» стали два сочинения: вышедшее в 1575 г. «Второе возражение» («The Second Replie») и опубликованное в 1577 г. «Продолжение второго возражения» («The Rest of the Second Replie»). В этих произведениях Т. Картрайт преимущественно разбирал различные вопросы, связанные с организацией церковных общин и церковной дисциплиной; поскольку они были изданы в континентальной Европе, широкого распространения и известности в Англии трактаты не получили, хотя и пользовались некоторым успехом у пуритан. По мнению исследователей, вследствие незначительного эффекта от их выхода Дж. Уитгифт решил не продолжать спор и оставил их без внимания.