В соответствии с рекомендациями У. Сесила, Т. Картрайт должен был либо полностью отказаться от «обсуждения всех этих вопросов в его лекциях и проповедях», либо быть лишён права на преподавание. В августе 1570 г. члены совета университета временно запретили Т. Картрайту преподавание. На дальнейшее развитие ситуации с Т. Картрайтом определяющее воздействие оказало принятие в сентябре 1570 г. нового устава университета, разработкой которого руководил Дж. Уитгифт. В уставе, в частности, значительно повышалась роль глав колледжей: теперь лишь они могли выдвигать кандидатуру вице-канцлера, тогда как члены факультетов обязаны были голосовать за одного из двух заранее согласованных кандидатур. Это изменение системы привело к победе Дж. Уитгифта на выборах в ноябре 1570 г. Кроме того, в устав был внесён специальный пункт, в котором содержался запрет «учить, рассуждать и выступать против установленной религии»; виновные в этом должны были в случае отсутствия раскаяния исключаться и изгоняться из университета. В литературе выдвигалось предположение, что новый устав был специально разработан Дж. Уитгифтом для борьбы с Т. Картрайтом и его сторонниками, однако современные исследователи находят это объяснение излишне упрощённым: целью устава было общее укрепление университетской дисциплины, ослабленной многочисленными религиозными дискуссиями. После того как Дж. Уитгифт занял пост вице-канцлера, состоялась процедура официального лишения Т. Картрайта его профессорской кафедры. 11 декабря 1570 г. он предстал перед собранием глав колледжей и докторов университета под председательством Дж. Уитгифта. В ходе заседания Т. Картрайту были предъявлены подготовленные им ранее для вице-канцлера Дж. Мея шесть тезисов; Дж. Уитгифт предложил ему высказать своё отношение к ним, предупредив, что в случае отказа их осудить Т. Картрайт будет лишён профессорства. Признав подлинность тезисов, Т. Картрайт заявил, что он продолжает разделять выраженные в них взгляды, поэтому не может отказаться от них, не погрешив против своей христианской совести. По постановлению собрания Т. Картрайт был лишён профессорской кафедры; любая публичная преподавательская и проповедническая деятельность в университете была ему строго запрещена. Вместе с тем Т. Картрайт формально оставался членом преподавательской корпорации Тринити-колледжа, однако фактически это членство сводилось лишь к получению небольшого жалованья. Возмущённый решением собрания, Т. Картрайт требовал от Дж. Уитгифта провести открытый публичный диспут, в ходе которого он мог бы защитить свои взгляды перед экспертами-теологами, однако ему было отказано. Дж. Уитгифт предложил Т. Картрайту вместо этого представить письменную защиту, от чего, в свою очередь, отказался Т. Картрайт. Как и многие подвергавшиеся преследованиям английские протестанты, Т. Картрайт после запрета на преподавание покинул Англию и направился в континентальную Европу, решив посетить центр кальвинистского протестантизма – Женеву, куда он прибыл не позднее июня 1571 г. Женевская протестантская община, руководителем которой был Теодор Беза (1519–1605 гг.), ученик и преемник Жана Кальвина (1509–1564 гг.), столкнулась в это время с серьёзными трудностями.