Из-за нескольких свирепых эпидемий чумы основанная Ж. Кальвином Женевская академия пребывала в упадке: студенты боялись ехать в город, многие преподаватели покинули его. В этой ситуации Т. Беза с радостью принял Т. Картрайта, готового вести преподавание в Академии, и немедленно добился от городского совета Женевы предоставления ему места лектора по теологии. 28 июня 1571 г. городской совет допустил Т. Картрайта к преподаванию; он читал лекции два раза в неделю. Т. Беза высоко оценивал Т. Картрайта, называя его «учёным и благочестивым человеком»; в сложных условиях эпидемии чумы, длившейся до конца 1571 г., Т. Картрайт был одним из ближайших сподвижников Т. Безы, помогая ему в церковной и академической работе. В Женеве Т. Картрайт смог на практике познакомиться с тем церковным устройством, которое раньше защищал в теории; исследователям известно, что он специально просил у Т. Безы разрешения присутствовать на заседании Консистории, чтобы ознакомиться с женевской церковной дисциплиной. Впоследствии именно женевская кальвинистская модель устройства церковной общины стала тем идеалом, который Т. Картрайт отстаивал в полемических сочинениях, направленных против английских епископалов. Уступив настоятельным просьбам кембриджских друзей, призывавших его вернуться в Англию и оказать им поддержку в идейной борьбе с епископалами, Т. Картрайт в начале февраля 1572 г. покинул Женеву и после длительного путешествия в мае того же года прибыл в Кембридж. Его появление здесь вызвало сильное недовольство Дж. Уитгифта, который решил окончательно устранить Т. Картрайта из университета. Ссылаясь на текст клятвы, которую давал каждый член Тринити-колледжа при вступлении в преподавательскую корпорацию, Дж. Уитгифт заявил, что Т. Картрайт не исполнил содержащееся в ней обещание принять пресвитерскую хиротонию в течение шести лет после включения в число членов колледжа (ср. письмо Дж. Уитгифта Мэтью Паркеру (1504–1575 гг.), архиепископу Кентерберийскому). Т. Картрайт действительно уклонялся от принятия пресвитерской хиротонии в Церкви Англии и был лишь диаконом, однако сам он не считал, что допустил какое-либо нарушение клятвы. Он полагал, что исполняя в Кембридже обязанности церковного проповедника, он тем самым фактически выполнял обещание, хотя и не исполнил его формально (ср. письмо Т. Картрайта У. Сесилу). Несмотря на протесты Т. Картрайта, в сентябре 1572 г. он был исключён из числа преподавателей университета и лишён членства (fellowship) в Тринити-колледже. Изгнание из Кембриджского университета означало для Т. Картрайта как окончательное прекращение его академической карьеры в Англии, так и потерю единственного надёжного источника доходов. В течение следующего года он исполнял обязанности домашнего проповедника в семьях нескольких покровительствовавших ему английских аристократов, одновременно ведя переписку и проводя переговоры с другими лидерами пресвитерианского движения, целью которых было формирование в Англии единой пресвитерианской церковной организации, которая могла бы добиться реформирования Церкви Англии изнутри.