При его одобрении и поддержке Дж. Уитгифт опубликовал в конце ноября 1572 г. «Ответ на некую книгу, названную Увещание к парламенту» («An Answere to a Certen Libel Intituled, An Admonition to the Parliament»). Трактат Дж. Уитгифта положил начало длительному литературному спору, в котором ведущую роль со стороны пресвитериан сыграл Т. Картрайт, воспользовавшийся возможностью вступить в полемику со своим кембриджским противником. Вопреки встречающимся в литературе утверждениям, Т. Картрайт не имел непосредственного отношения к составлению «Увещания» и «Второго увещания» и не был автором этих трактатов, хотя мог принимать участие в обсуждении их содержания среди пресвитериан как до, так и после их публикации. Открыто он включился в дискуссию лишь после выхода «Ответа» Дж. Уитгифта; в соответствии с полулегендарным свидетельством, пресвитериане решали вопрос о том, кто должен писать ответ Дж. Уитгифту путём жребия, который пал на Т. Картрайта. Т. Картрайт завершил работу над сочинением весной 1573 г.; к концу апреля оно вышло в свет под названием «Возражение на Ответ, написанный доктором Уитгифтом против Увещания к парламенту» («A Replye to an Answere Made of M. Doctor Whitegifte Against the Admonition to the Parliament»). Сочинение Т. Картрайта было с одобрением встречено его собратьями-пуританами. Выступив в трактате в защиту основных принципов пресвитерианского пуританизма, Т. Картрайт последовательно обосновывал их текстами Священного Писания, которое он объявлял единственным законным источником всех вероучительных истин. Летом 1573 г. недовольным значительной популярностью сочинения Т. Картрайта епископам удалось добиться крупного успеха: 11 июня королева Елизавета I выпустила специальную «Прокламацию» («Proclamation»), в которой сообщала о деятельности «беспокойных и жаждущих разрушительных перемен» лиц, составивших «Увещание» и защищающих его. Выступая покровительницей «узаконенного церковного порядка», королева воспрещала любые уклонения от принципов церковного устройства и обрядовой практики, содержащихся в «Книге общих молитв». Всем подданным предписывалось в течение 12 дней сдать епископам или светским властям все экземпляры «Увещания» и «всех прочих книг, написанных в его защиту». Хотя имя Т. Картрайта в документе не упоминалось, под «прочими книгами» королева подразумевала анонимное «Второе увещание» и составленное Т. Картрайтом  «Возражение». Несмотря на содержащиеся в «Прокламации» угрозы законного преследования непокорных, из переписки между Лондонским епископом Эдвином Сандисом (около 1519 – 1588 гг.) и У. Сесилом исследователям известно, что в Лондоне вообще никто не сдал книги в предписанный срок, хотя они имели в столице широкое хождение. В многочисленных письменных жалобах, направляемых в этот период У. Сесилу и королеве Елизавете I, англиканские епископы сравнивали пуритан с анабаптистами и утверждали, что если не прекратить силой распространение пресвитерианских взглядов, опасность будет угрожать уже не только церковному порядку, но и положению светской власти. С санкции властей епископам удалось закрыть тайную пуританскую типографию и арестовать её владельца Джона Страуда (ум. в 1582 г.), печатавшего в том числе и «Возражение» Т. Картрайта.