По оценкам современных исследователей, представленное в сочинении «Духовное руководство» квиетистское учение Мигеля де Молиноса само по себе не является еретическим или гетеродоксальным, т.е. не содержит высказываний, которые бы прямо противоречили католическому вероучению. Трактат Мигеля де Молиноса при его выходе в свет воспринимался католиками не как некое новшество, но как творческое развитие и систематизация традиционной католической мистики созерцательной молитвы. Это подтверждается тем, что никто из цензоров первого издания (в их число входили генерал Ордена францисканцев Франческо Мария Николис; представители руководства Ордена тринитариев Мартин Ибаньес де Виллануэва и Диего де Хезус; доктор теологии и эксперт Конгрегации инквизиции иезуит Мартин де Эспарса Артьеда; провинциал Ордена капуцинов Франсиско Ксерес; главный цензор Римской курии доминиканец Раймондо Капицукки) не усмотрел в трактате ничего подозрительного; напротив, все дали положительные отзывы, которые были опубликованы вместе с трактатом. Вместе с тем многие идеи Мигеля де Молиноса, безупречные с формальной точки зрения, при их объяснении и развитии им самим или его последователями, а также при их практическом применении верующими могли приобретать соблазнительный характер и выходить за рамки допустимого индивидуального понимания вопросов духовной жизни и мистического опыта, вступая в противоречие с учением католической церкви. Опираясь на теоретическую мистику «Ареопагитик» и практическое учение о мистическом опыте, содержащееся в сочинениях Хуана де ла Круса, Терезы Авильской, Франциска Сальского и других католических авторов, в «Духовном руководстве» Мигель де Молинос предлагал систематизированное учение о высшей «мистической жизни» души, о структурных элементах и стадиях достижения «духовного совершенства». При этом он избегал популярных в духовной литературе того времени ссылок на собственный опыт, ограничиваясь отвлечённым изложением общих принципов и законов. С точки зрения истории квиетизма наиболее значимыми являются те положения «Духовного руководства», которые соотносятся с предъявлявшимися впоследствии инквизиторами Мигелю де Молиносу обвинениями. Хотя Мигель де Молинос признал своими и осудил тезисы, объявленные инквизицией еретическими, у многих исследований вызывает сомнения правомерность их инкриминации ему, в особенности с учётом того, что ни одно из этих положений не было извлечено из «Духовного руководства». Вместе с тем в большинстве случаев в признанных еретическими тезисах Мигеля де Молиноса усиливаются и толкуются в гетеродоксальном смысле те идеи, которые были сформулированы им в опубликованных сочинениях. В «предварительных замечаниях» трактата Мигель де Молинос формулировал и обосновывал различение двух методов мистического приближения к Богу и соединения с Ним. Первый метод он назвал «методом размышления (consideración) или рассуждения», «медитацией». Мигель де Молинос отмечал, что при использовании этого метода ум приближается к Богу посредством обращения в размышлении или в молитве ко всему имеющемуся у него знанию о Боге, т.е. к интеллектуальным понятиям и к чувственным образам; двигаясь путём напряжённых усилий от менее отчётливого знания к более отчётливому и переживая при этом воздействие божественной благодати, ум очищается и соединяется с Богом.