Активная проповедническая деятельность группы в Валь-Камонике послужила причиной доносов в Рим: члены группы обвинялись в порочных молитвенных практиках и в уклонении от церковного учения. По решению Конгрегации инквизиции (см. ст. Инквизиция) расследование дела было поручено епископу Брешиа Пьетро Витто Оттобони (1654–1689 гг.; с 1689 г. – папа Римский Александр III) и инквизиции диоцеза. Инквизиционный процесс завершился к середине 1657 г.; по приговору ораторий подлежал упразднению, всем членам общины во главе с Марко Антонио Рекальдини предписывалось отречься от заблуждений и понести церковное наказание. Богословские взгляды пелагинов известны исследователям из распоряжений епископа Пьетро Вито Оттобони и подписанного 19 сентября 1660 г. Марко Антонио Рекальдини отречения; они сводились к нескольким тезисам: умная молитва необходима для любого человека настолько, что без неё никто не может спастись; умная молитва не должна связываться со словесной, которая гораздо ниже и слабее её; умная молитва выше церковных таинств и даже выше совершённого Иисусом Христом искупления; над творящим такую молитву не властны ни епископы, ни папа Римский; церковные изображения как отвлекающие от молитвы должны быть упразднены и т.п. Хотя выдвигалась гипотеза, что учение пелагинов могло повлиять на взгляды Пьера Маттео Петруччи и других итальянских квиетистов, убедительные свидетельства его прямого влияния на последующую традицию квиетизма отсутствуют. Из справки кардинала Франческо дельи Альбицци исследователям известно ещё об одной группе предквиетистского характера в итальянских провинциях Лигурия и Пьемонт. К ней принадлежал выходец из Франции врач Антуан Жирарди (Гриньон). Пользуясь покровительством графа Маурицио Скарампи, он основал во владениях графа несколько ораториев (в городе Кортемилия и близ него), в которых совершалась совместная безмолвная молитва. В ходе инквизиционного процесса Антуан Жирарди заявил, что учение о такой молитве было почерпнуто им из сочинения «Стадии умной молитвы, служащей быстрому приближению к Богу» («Stati d'orazione mentale per arrivare in breve tempo a Dio») Марии Бон (ум. в 1680 г.), монахини Ордена урсулинок. Граф Маурицио Скарампи также предстал перед инквизиторами и признался в том, что практиковал «аффективную, или безмолвную молитву» (degl'affetti o della quiete); кроме того, его обвиняли в проповеди учения о возможности для человека путём безмолвной молитвы достичь экстатического единства с Богом, минуя стадии покаяния и благодатного освящения. С целью прекратить проповедническую деятельность сторонников умной молитвы Стефано Спинола, епископ Савоны (1664–1682 гг.), от имени Конгрегации инквизиции издал специальное распоряжение, публично оглашённое 2 ноября 1675 г. при большом стечении народа в Спиньо-Монферрато, в котором под угрозой отлучения от церкви запрещалась любая безмолвная молитва. Поскольку столь резкий запрет вызвал неоднозначную реакцию среди католического духовенства Савоны, Конгрегация инквизиции направила епископу разъяснение.