При Гуго I расширение Клюнийской конгрегации впервые столкнулось с серьёзными препятствиями: епископы и аббаты не желали лишаться юрисдикции над монастырями, даже если светские сеньоры высказывались в пользу клюнийцев. Так, в 1062 г. виконт Адемар II передал клюнийцам крупный монастырь Сен-Марсьяль в Лиможе, но его насельники долгое время отказывались признавать власть аббата Гуго. В то же время епископы Макона не прекращали попыток установить контроль над Клюни; вооружённое вторжение в монастырский бург, предпринятое епископом Дрогоном, стало поводом для прибытия папского легата кардинала Петра Дамиани, который подтвердил привилегии Клюни (1063 г.). В булле папы Урбана II от 1097 г. упоминается, что аббатство Муассак с подчинёнными монастырями добивалось самостоятельности от Клюни. Попытки насельников монастыря Везле выйти из состава Клюнийской конгрегации продолжались в XII в. Таким образом, хотя клюнийское влияние продолжало расти, это стало вызывать недовольство многих церковных иерархов и порождало нестроения в Клюнийской конгрегации. Управление Клюнийской конгрегаций единолично осуществлял аббат Клюни, как правило избиравшийся монашеской общиной при жизни предыдущего настоятеля (иногда выборы сводились к одобрению монахами указанного настоятелем преемника). От кого и каким образом аббат получал инвеституру, в ранних источниках не говорится. Согласно «Хронологии клюнийских аббатов» (конец XI в.), святые Бернон, Одон и Одилон получили посвящение от архиепископа Безансонского (вероятно, потому, что в его диоцезе находился монастырь Бом), св. Аймард – от епископа Отёнского, св. Майоль – от епископа Шалонского. В соответствии с бенедиктинским уставом аббату помогал приор (препозит); в Клюни существовала должность великого приора (prior maior). Великий приор управлял монастырём во время частых и длительных разъездов аббата. Как правило, приора назначал аббат, но иногда в источниках отмечается, что тот или иной приор был поставлен с согласия братии. Монастырскими владениями управляли назначенные великим приором деканы; в источниках различаются деканы монастырские (claustrales) и сельские (внешние; forenses). Клаустральный (второй) приор (prior secundus, custos ordinis) следил за соблюдением устава в монастыре при помощи «обходчиков» (circatores). Среди других важных должностей в Клюни были камерарий (лоррерий), который отвечал за обеспечение монахов одеждой и следил за освещением монастырских зданий, и келарь (эконом – cellarius), отвечавший за питание монахов. Келарю подчинялись начальник рефектория (трапезной), садовник, хранитель вина (custos vini), конюх и т.д. Сакрист (апокрисиарий) заведовал церковной утварью и облачениями, он же мог исполнять функции звонаря и лампадария. За сохранность богослужебных книг и совершение служб отвечал армарий, который мог быть также начальником певчих (архикантором – precentor). В Клюни существовали также должности начальника гостиницы, начальника больницы, библиотекаря, заведующего раздачей милостыни и приёмом паломников (eleemosynarius). Важную роль в управлении аббатством играли старшие монахи (seniores).