Поскольку выборы были проведены без разрешения французского короля, руководителей монастыря арестовали, аббата выслали в Ла-Шарите-сюр-Луар, управление Клюнийской конгрегацией было передано королевскому комиссару Полю Пелиссону. В то же время продолжалось противостояние сторонников и противников строгой обсервации. Согласно постановлению Государственного совета (1676 г.), легитимным уставом Клюни были признаны статуты, изданные в 1458 г. аббатом Жаном III де Бурбоном. Это не устраивало сторонников строгой обсервации, т.к. в статутах были предусмотрены послабления в посте и обетах бедности, однако победу одержали противники реформ. Избранный в 1683 г. аббатом Клюни кардинал Эмманюэль Теодоз де ла Тур д'Овернь, герцог Буйон, вступил в должность лишь в 1693 г. Проживая в Риме, кардинал не посещал Клюни и управлял Клюнийской конгрегацией посредством писем. После завоевания королём Людовиком XIV области Франш-Конте (1670 гг.) находившиеся там приораты, некогда переданные конгрегации св. Витона, были возвращены Клюнийской конгрегации. Сторонники строгой обсервации получили численное преимущество, поэтому клюнийские монахи вновь разделились на две общины, жившие по разным уставам. В то же время положение кардинала Буйона при французском дворе было подорвано его позицией в дискуссии о квиетизме (кардинал поддержал Франсуа де Салиньяка Фенелона в споре с Жаком-Бенинем Боссюэ) и отказом своевременно приехать во Францию по вызову короля. Проиграв судебную тяжбу с монахами Клюни, кардинал вступил в конфликт с королём и был вынужден бежать из Франции. Преемником кардинала Буйона стал его племянник Анри Осваль де ла Тур д'Овернь (1715–1747 гг.), долгое время фактически руководивший монастырём. После неоднократных попыток ему удалось примирить сторонников и противников реформы на генеральном капитуле 1725 г. Пытаясь укрепить единство Клюнийской конгрегации, в 1724 г. аббат вновь опубликовал клюнийский бревиарий 1686 г., который использовали все клюнийцы, а в 1733 г. издал новый миссал; на генеральном капитуле 1753 г. было принято решение о подготовке нового клюнийского антифонария. При аббате кардинале Фредерике Жероме де Ларошфуко (1747–1757 гг.) в Клюни проводились масштабные строительные работы, в результате которых была утрачена бóльшая часть средневековых построек аббатства. Преемником аббата по указанию короля Людовика XV был назначен его племянник – кардинал Доминик де Ларошфуко (1757–1790 гг.). В 1768 г. во французских монастырях Клюнийской конгрегации жили 296 монахов «старой обсервации» и 333 – строгой обсервации. Указом Государственного совета от 17 октября 1787 г. были упразднены монашеские общины «старой обсервации», отменён устав Клюни (статуты 1458 г.), вскоре его заменили новыми орденскими конституциями (приняты генеральным капитулом 26 августа 1788 г., утверждены папским бреве «Apostolatus officium» от 15 мая 1789 г.). Клюнийская конгрегация перестала существовать после издания закона об отмене монашеских обетов и роспуске религиозных общин (13–19 февраля 1790 г.). В 1837 г. папа Римский Григорий XVI утвердил основание новой бенедиктинской Французской конгрегации (ныне Солемская конгрегация), ставшей правопреемницей упразднённых Клюнийской конгрегации и конгрегаций св. Мавра и св. Витона. С 1962 г. титул аббата Клюни носит епископ Отёна, Шалона и Макона (с 2006 г. титулярным аббатом является епископ Бенуа Ривьер).