Составить новое жизнеописание Петра Канизия было поручено преподававшему в коллегии Аугсбурга иезуиту Маттеусу Радеру (1561–1634 гг.), который завершил первую редакцию в конце 1611 г., однако и эта версия была отклонена цензурой. В течение двух лет Маттеус Радер готовил новую редакцию, собрав много не использованного ранее материала; в 1614 г. составленное им жизнеописание Петра Канизия было одобрено руководством Ордена и вскоре издано в Мюнхене (1614 г.). В достаточно крупном по объёму произведении Маттеус Радер создал идеализированный образ Петра Канизия, историография целиком оказалась поглощена агиографией. Среди многочисленных последующих агиографических жизнеописаний Петра Канизия внимания исследователей заслуживает сочинение иезуита Франческо Саккини (1570–1625 гг.), который положил в основу своего произведения жизнеописание, составленное Маттеусом Радером, но без большинства вымышленных деталей, заново изучил многие источники и выстроил жизнеописание по строго хронологическому принципу. Во Фрибуре уже в начале XVII в. Пётр Канизий почитался в народе как святой; в городских архивах сохранилось несколько свидетельств жителей о чудесах, происходивших после обращения к нему с молитвами. Исследователям известно о споре между собором Сен-Никола, где был похоронен Пётр Канизий, и принадлежавшей иезуитской коллегии церковью Сен-Мишель, которая заявила претензии на хранение останков Петра Канизия. Согласившись на перенесение останков, капитул собора заявил о желании оставить в качестве реликвий голову и ребро Петра Канизия. Лишь при посредничестве городских властей удалось достичь согласия: тело Петра Канизия перенесли полностью, однако иезуиты дали обещание после официальной канонизации Петра Канизия вернуть в собор Сен-Никола часть его мощей. Торжественная церемония перенесения останков Петра Канизия в церковь Сен-Мишель состоялась 31 марта 1625 г. Последняя рекогниция мощей Петра Канизия была проведена в 1942 г., когда их поместили в новый реликварий (скульптор М. Фёйа), представлявший собой статую Петра Канизия в полный рост, и положили под центральным престолом церкви Сен-Мишель, где они находятся и поныне. Подготовка материалов для беатификации Петра Канизия велась в XVII–XVIII вв. в нескольких епископствах Швейцарии и Германии, с которыми была связана его жизнь. В 1734 г. собранные материалы были переданы для изучения в Рим, однако рассмотрение дела сначала замедлилось, а потом вовсе прервалось в связи с запретом Ордена иезуитов в 1773 г. Беатификационный процесс был возобновлён при папе Григории XVI (1831–1846 гг.), но вновь затянулся и завершился лишь во второй половине XIX в. В июле 1864 г. папа Римский Пий IX (1846–1878 гг.) подписал декрет о беатификации Петра Канизия и объявил о ней в апостольском бреве «Qui contra Ecclesiam» от 2 августа 1864 г.