Наиболее точное и подробное определение христианской церкви Пётр Канизий предлагал в созданной после Тридентского собора редакции «Суммы...», подчёркивая в противовес протестантскому вероучению видимый характер церкви и исключительную роль папы Римского как её земного главы: «Церковь есть видимое собрание (congregatio) всех верующих во Христа; ради неё Сын Божий, восприняв человеческую природу, совершил и завершил своё (земное) дело. С самого начала Он научил её быть единой и единомысленной в вере, в вероучении (doctrina fidei) и в совершении Таинств. Она сохраняется в единстве и управляется её единым Главой, Христом, и исполняющим Его обязанности (vices gerente) на земле великим понтификом». В этом определении Пётр Канизий соединяет три наиболее важных для него аспекта учения о церкви: церковь есть Тело Христово и плод Боговоплощения; церковь соблюдает верующих в единстве и ведёт их к спасению; церковь имеет одного небесного Главу – Христа и одного земного главу – папу Римского. Согласно Петру Канизию, существование церкви есть прямое следствие Боговоплощения: Христос вселился в утробу Девы, «чтобы соединить (consociaret) со Своим божеством... Церковь, приняв её как Свою возлюбленную невесту и сочетав Себя с ней вечной любовью». Учреждённая Христом церковь поддерживается благодатным действием Святого Духа, посланного Христом в день Пятидесятницы: «Он исполнил новую Церковь светом нового учения, послав Святого Духа, Который остаётся в ней учителем (doctor), хранителем (custos) и управителем (rector) вплоть до кончины века». Действие Святого Духа в церкви полностью преображает тварную природу, создавая «небо на земле»; так, по словам Петра Канизия, Христос, основав церковь и наполнив её действиями Святого Духа, «соделал из земли небо или рай», поскольку, пребывая в церкви, «земные (люди) не только возрождаются и преображаются, но и становятся как бы небесными и божественными (divini)». При объяснении спасительной природы церкви Пётр Канизий подчёркивал объективный аспект её существования, нередко в ущерб субъективному аспекту. Хотя он соглашался с тем, что церковь видимым образом предстаёт как совокупность верующих индивидов, по его убеждению, мистическая природа церкви не может быть сведена к их индивидуальным отношениям с Богом. Для Петра Канизия церковь есть, прежде всего, спасительный «дар Божий»; мистический организм, возглавляемый Христом, «таинственное Тело Христово» («mysticum Сhristi corpus»). Соединение человека с церковью тождественно соединению с Христом и есть начало пути спасения, жизнь в церкви – постоянное переживание и возобновление благодатного единства с Христом, освящающим верующих.