Согласно Петру Канизию, таинства с точки зрения их назначения суть «спасительные средства против греха, который является смертельной болезнью души, и, если не будет вовремя исцелён, может привести к вечному осуждению». В мистическом измерении таинства распространяют на всех верующих спасительные страдания Иисуса Христа, результатом которых стало «освящение и примирение» человека с Богом, вследствие чего таинства являются зримыми способами соединения с Христом. Общую природу таинств Пётр Канизий определял в духе закрепившейся в католицизме августиновской традиции: таинство есть «установленный Христом внешний и видимый знак божественной и невидимой благодати», при участии в котором человек получает «благодать Божию и освящение». Пётр Канизий считал все семь таинств восходящими к апостольскому преданию. Излагая в «Сумме...» учение о таинствах, он часто использовал традиционные святоотеческие формулировки; вместе с тем его учение о таинствах, в основном, зависит от понимания таинств в католической схоластике и вследствие этого во многих частях является юридически формальным. Важнейшим и священнейшим из церковных таинств Пётр Канизий признавал евхаристию. Выделяя в «Сумме...» её существенные свойства, он последовательно утверждал все части католического учения о евхаристии, отвергаемые протестантами. Центром таинства евхаристии для Петра Канизия является реальное присутствие в ней Христа, Который «дарует Себя» верующим в «Своих истинных Теле и Крови», в результате чего участвующие в евхаристии «целиком воплощаются в Него» («illi prorsus incorporemur»). В евхаристии, по словам Петра Канизия, верующие принимают воскресшее и обоженное Тело Христа, «невидимое, бесстрастное, бессмертное»; это Тело не может быть усмотрено земными очами, однако это то самое Тело, Которое святые созерцают на небесах. Пётр Канизий принимал учение о евхаристическом пресуществлении, отмечая, что оно происходит всякий раз при правильном совершении евхаристии законно поставленным священником.