В силу этого церковь есть «пространство, только внутри которого становятся действенными средства спасения, установленные Христом», в число которых Пётр Канизий включал «обетования, заповеди, Таинства, примеры, установления, благодеяния» и т.п. Отвергая протестантское учение о невидимой церкви, Пётр Канизий подчёркивал, что церковь является «видимой и созерцаемой» («visibilis esse ac conspicuam»); по его мнению, это не противоречит её богочеловеческой природе, но, напротив, следует из этой природы. Невидимая сторона церкви, согласно Петру Канизию, проявляется не в отсутствии единой земной церковной организации, как утверждали протестанты, а в невидимом управлении ею Христом и в действии в ней Святого Духа, тогда как её видимая природа предстаёт в виде единственной и единой церковной организации, созданной по богоустановленному порядку. Видимая церковь существует на земле как единая организация с единым главой – папой Римским, который обеспечивает видимое «единство и согласие» («unitas et consensus») католической церкви «в учении веры, в совершении Таинств, в исполнении божественного культа, в управлении церковной политикой». В неопубликованных заметках Пётр Канизий подробно обсуждал вопрос о месте папы Римского во Вселенской церкви и его примате в связи с католическим учением о папе как преемнике св. апостола Петра. Рассматривая используемый для обоснования этого учения отрывок Нового Завета (Мф. 16:18), Пётр Канизий возражал протестантам, которые отвергали особое положение в церкви апостола Петра и считали, что в данном отрывке речь идёт о Христе как основании церкви и в целом о пастырской власти в церкви, а не об особой власти апостола Петра и его «преемников» – пап. Придерживаясь противоположного мнения, Пётр Канизий утверждал, что, хотя «первичным камнем» («petra primaria»), на котором строится здание церкви, является Христос, Пётр есть «вторичный камень» («petra secundaria»), которому Христос поручил «основание вселенского церковного здания». Признавая наличие многочисленных святоотеческих толкований (главным образом, среди восточных православных отцов церкви), согласно которым слова Христа о камне относятся не лично к Петру, но к его исповеданию Христа Сыном Божьим, каковое и есть основание церкви, Пётр Канизий считал недопустимым игнорирование личностей апостола Петра и его «преемников»; по мнению Петра Канизия, они являются поставленными Христом хранителями и проповедниками истинной веры.