Исполнение этих заповедей, по убеждению Петра Канизия, способствует появлению у христиан духа «смирения и послушания», является видимым знаком общего согласия и единой дисциплины и необходимо для возрастания в христианском благочестии. Церковные заповеди тесно связаны с таинствами, единственным законным совершителем которых является церковь, использующая их как «божественно установленные средства» спасения. Обсуждая личное отношение верующих к церкви как иерархической структуре, Пётр Канизий во многом руководствовался выдвинутым Игнатием Лойолой на передний план идеалом «послушания Церкви». Послушание церкви идентично послушанию Христу, т.к. церковные иерархи и служители суть поставленные от Него «викарии», содействующие Ему в осуществлении спасения верующих. Именно исходя из такого представления о церковной власти, Пётр Канизий решал вопрос о церковных злоупотреблениях: поскольку иерархическая власть дана церковным пастырям Христом, она может быть отнята у них только Им; желая выносить собственный суд в отношении иерархии, христиане посягают на прерогативу Христа, а это недопустимо. Признавая, что любой иерарх может впасть в грех, Пётр Канизий вместе с тем считал обязанностью христианина проявлять по отношению к нему послушание не в силу его личных качеств, но в силу церковной должности. Никакие грехи иерархов, по убеждению Петра Канизия, не дают христианину права отделяться от церкви: «Не следует из-за дурных понтификов оставлять святость кафедры и разделять единство христианского стада». Любые религиозные сообщества, находящиеся вне общения с католической церковью, Пётр Канизий признавал еретическими, отказываясь допускать для их членов возможность спасения. В «Исповедании веры» он решительно отмежевывался от всех протестантских общин, считая их находящимися вне истинной церкви. Вместе с тем Пётр Канизий считал необходимым отличать тех, кто сознательно восстают против церкви и учат ереси, от тех, кто следуют за лжеучителями по неразумию или слабости; по его словам, следует «устанавливать различие между совращёнными и совратителями, между учениками и учителями заблуждений». Однако вопреки встречающемуся в литературе мнению Пётр Канизий едва ли полагал, что «рядовые» сторонники ереси (в том числе те, кто не отпали от истинной веры, а принадлежат к «ложной» по рождению) виновны лишь в «непогрешительном заблуждении». Находясь вне церкви, такие люди совершают смертный грех и не могут рассчитывать на спасение, однако для них возвращение в церковь менее затруднительно, поэтому к ним следует относиться с милосердием и обращаться с увещанием к покаянию, тогда как в отношении упорных предводителей и учителей «ереси» допустимы в том числе и карательные меры.