Церковно-историческое значение деятельности Петра Канизия состоит, прежде всего, в его вкладе в сохранение позиций католической церкви в Германии в эпоху Реформации. Благодаря деятельности иезуитов, которую в течение нескольких десятков лет координировал Пётр Канизий, в Германии началось возрождение католического образования в коллегиях и университетах, сформировалось новое поколение священнослужителей, ответственно исполнявших свои обязанности; результатом стало сохранение католицизма в статусе крупнейшего вероисповедания Германии. Неотъемлемым элементом церковной деятельности Петра Канизия была полемика с протестантами. Он считал обязанностью католиков вести борьбу с инакомыслием, в том числе и при поддержке светских властей; однако, призывая к идейной борьбе с протестантизмом, он не одобрял жестоких мер, направленных против протестантов. Пётр Канизий сохранял терпимость по отношению к религиозным оппонентам, многие из которых отвечали ему взаимным уважением. Так, один из помощников Петра Канизия по организации коллегии в Праге в отчёте руководству Ордена свидетельствовал: «К провинциалу Канизию относятся... с большим почтением, причём любят его не только католики, но даже и гуситы, и прочие еретики, и иудеи». Главную задачу католической церкви в эпоху Контрреформации Пётр Канизий видел не в подавлении инакомыслия, но в «сохранении духовных корней» христианства и в «оживлении веры в Церковь». Именно на достижение этой цели были направлены его литературные труды, прежде всего, катехизисы. Католический богослов кардинала Роберт Беллармино (1542–1621 гг.) говорил, что если бы он узнал о катехизисе Петра Канизия раньше, чем начал писать собственный, то не стал бы создавать новый катехизис, но просто перевёл бы на итальянский язык сочинение Петра Канизия. По словам папы Римского Льва XIII (1878–1903 гг.), «Канизий на протяжении трёхсот лет был учителем католиков Германии», так что «знать Канизия» и «держаться христианской истины» означало одно и то же (ещё в начале XX в. в Германии можно было услышать, как католический катехизис называли просто «канизием»). В ближайшие десятилетия после смерти Петра Канизия иезуиты начали собирать материалы о его жизни, намереваясь использовать их для начала процесса канонизации. Около 1611 г. ректор иезуитской коллегии в Мюнхене Якоб Келлер (1568–1631 гг.) составил первое жизнеописание Петра Канизия. С 1590 по 1594 гг. Якоб Келлер преподавал в иезуитской коллегии Фрибура и общался там с Петром Канизием; впоследствии он встречался со многими иезуитами, лично знавшими Петра Канизия, и записал их воспоминания. Исследователи отмечают, что сочинение Якоба Келлера написано возвышенным стилем и, скорее, походило на панегирик; сомневаясь в его достоверности и убедительности, цензура руководства Ордена иезуитов не разрешила публикацию (опубликовано в XX в.).