Возражая протестантам, Пётр Канизий утверждал, что евхаристия является не только воспоминанием жертвы Христа, но сама есть бескровная жертва, многократно и повсеместно «приносимая Христом через Его священников» и «истинно представляющая» Его страдания. Как и большинство католических теологов его времени, Пётр Канизий вынужден был принимать участие в так называемых спорах о чаше. Поскольку протестанты практиковали причащение мирян под двумя видами, многие германские католические князья добивались от папы Римского разрешения видоизменить католический обряд сходным образом. Во время Тридентского собора во многом под влиянием светских властей Пётр Канизий допускал возможность в виде исключения совершать причащение мирян под двумя видами, однако впоследствии занял более жёсткую позицию. В «Сумме...» он отличал священников как «совершающих жертвоприношение» («sacrificantes») от мирян как принимающих евхаристию и утверждал, что первым для совершения таинства необходимо принимать его под двумя видами, тогда как вторым «для спасения достаточно приобщения к любому из видов». По утверждению Петра Канизия, под обоими видами одинаково присутствует один и тот же Христос. Протестанты и их последователи, требующие причащения под двумя видами, согласно Петру Канизию, выступают против принятой церковью традиции, не имея на то достаточных богословских и религиозных оснований: хотя обычай церкви может быть ею изменён, нет никаких причин его менять, и потому лучше проявлять послушание церкви и следовать существующей традиции. Сходный метод опровержения доводов протестантов Пётр Канизий использовал и в других случаях применительно к различным церковным установлениям, обрядам, церемониям и т.п. Отвергая доводы протестантов о том, что многие церковные обряды противоречат Священному Писанию, Пётр Канизий заявлял, что они не заменяют собой заповеди Священного Писания, но лишь дополняют и расширяют его содержание, т.к. служат видимому выражению христианской веры. Исполнение обрядов не даёт спасения, однако помогает верующим, проявляя во внешнем внутреннее духовное содержание: «...Обряды сами по себе не являются актами благочестия (pietatis), но вместе с тем они предохраняют и украшают его». Соглашаясь с тем, что обряды возникли в ходе исторического развития церкви и могли бы быть иными, Пётр Канизий выступал против их изменения, поскольку вместо духовной пользы от этого происходят лишь споры и разделения.