Основной текст состоит из двух частей. Первая часть посвящена учению о Боге. Рассуждая о том, «како должны познати Бога», Кирилл Ставровецкий говорит, что в последнее время появились «злохитрии отроцы еретичестии», имея в виду «высокой мысли тщетных наук внешних философов»; философские учения автор называет «суетными». При этом о римско-католической и об униатской угрозе для православия Кирилл Ставровецкий не пишет. По его мнению, подлинной мудростью является «жизнь в истине» и «чистое сердце». Вторая часть начинается с главы о сотворении невидимого (ангельского) мира; далее следует объяснение устройства ангельского чина, повествуется о злых духах, разделяемых на три вида: воздушных, водяных и подземных. Даётся описание видимого, «четверакого» мира, состоящего из четырёх стихий – огня, воздуха, воды и земли. Автор приводит подробную характеристику каждой стихии, уделяет особое внимание сотворению человека. В духе средневекового символизма Кирилл Ставровецкий пишет, что, подобно видимому миру четырёх стихий, невидимый «злосливый мир» состоит из четырёх пороков: зависти (соответствует воздуху), гордости (соответствует огню), алчности (соответствует воде) и убийства (соответствует земле). В той же части содержится поучение «О двох местех, о тёмном Вавилоне и о пресветлом Сионе». Существующее общество названо «тёмным Вавилоном», на смену которому должен прийти «пресветлый Сион». Автор даёт аллегорическое толкование ряду апокалиптических образов. Под «чашей, кровью наполненной» он подразумевает дворцы богатых панов, прогневляющих Бога. Особое место занимает изложение учения «о Церкви Христа и Царствии Его». Далее следуют разделы «О покаянии грешных», «О блаженной жизни будущаго века», «О призывании праведных в Царствие Небесное» (эти три части вошли в следующую книгу Кирилла Ставровецкого – «Евангелие учительное»). Завершающий раздел – «О совершенном венчании святых Божиих, еже восприимут по воскресении», за ним помещена «Молитва тогожде трудолюбца о совершению». Кирилл Ставровецкий критикует социниан (ариан) и кальвинистов, которые отрицают пребывание святых на небе; упрекает протестантов в том, что те «вымышляют секты себе по воле сердца своего, а не по воле Божией и закону Его». При этом Кирилл Ставровецкий не приводит разбор протестантских догматов, а его отдельные высказывания несут в себе влияние протестантизма (социнианства, например, утверждение: «Бог есть не Бог, свет, несвет, премудрость, непремудрость, отчество, неотчество, несыновство, недух, нетроица, неединица, недвижение, нестояние, и ничтоже от сих Бог есть»; таким образом, Кирилл Ставровецкий выступает против распространённого антропоморфного понимания Бога, против попыток приписывать Богу «уды телесныи»). Критика католичества в «Зерцале богословия» отсутствует. Главным источником для «Зерцала...» послужило «Богословие» св. Иоанна Дамаскина, также были использованы творения Августина Блаженного, святителей Иоанна Златоуста, Василия Великого, Григория Назианзина, св. Ипполита Римского, св. Дионисия Ареопагита. Ряд положений Кирилл Ставровецкий заимствовал из Толковой Палеи (мнение, что Бог создал человека на том месте, откуда упал в преисподнюю сатана, чтобы светлость и венец, оставшиеся от падших ангелов, передать людям; утверждение Толковой Палеи о единстве четырёх стихий в теле человека: «Плоть от земле, кровь от воды, дыхание от воздуха, теплота от огня»).