Однако данное утверждение вызывает у исследователей большие сомнения: сохранились приходо-расходные книги Путивльской воеводской избы этого времени, где фиксировались все приезды духовных лиц, которым выдавался корм; Кирилла Ставровецкого среди приезжавших нет. Как униат Кирилл Ставровецкий впервые упоминается в указе короля от 25 марта 1626 г. о назначении его архимандритом Елецкого черниговского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря, как полагают исследователи, по протекции униатского Смоленского и Черниговского епископа Льва Кревзы. Елецкий монастырь был разрушен в 1611 г. и покинут монахами. Несмотря на получение обителью пожалований, Кирилл Ставровецкий не смог её восстановить. Монастырю были переданы имения Горбов и Авдеевка. 7 марта 1628 г. Кирилл Ставровецкий получил 17 уволок земли от черниговского капитана Куновского, они были обмерены и подтверждены королевским привилеем от 30 апреля 1638 г. Всего Кирилл было передано около 100 уволок земли. К 29 января 1635 г. исследователи относят его протестацию, поданную в Черниговский замковый уряд, по поводу незаконной аренды монастырских озёр черниговским бурмистром Асалаем. В Чернигове имели место контакты Кирилла Ставровецкого с католиками: ксёндз Себастиан Осмольский из Львова около 1628 г. жил полгода в Елецком Успенском монастыре. 16 октября 1629 г. Кирилл Ставровецкий получил от князя Александра Заславского дубенскую Крестовоздвиженскую архимандритию. Исследователям неизвестно, принял ли Кирилл Ставровецкий в своё управление Дубенский монастырь, который был до этого православным. Кирилл Ставровецкий участвовал в действиях униатских священнослужителей против православного Киевского митрополита Петра (Могилы). Странствующий архимандрит Афиноген (Крыжановский), до начала 1630 гг. состоявший в униатской церкви, впоследствии вернувшийся в православие, 30 марта 1637 г. подал заявление в Луцкий гродский суд. Он сообщил, что в 1636 г. по наущению Кирилла Ставровецкого, с которым виделся в Чернигове, направил под именем вымышленного греческого епископа Амафузийского Аарона в Черниговский гродский суд протестацию против митрополита Петра (Могилы) с ложным обвинением слуг последнего в нападении на себя с целью ограбления. Афиноген писал, что он сделал это по навету униатского Перемышльского епископа Афанасия Крупецкого и Львовского армяно-католического епископа Николая Торосовича, которые «составили и выдумали клевету», в свою очередь, «Кирилл Ставровецкий сам своей рукой протестацию написал и в книги черниговские подал» (Архив Юго-Западной Руси). По мнению исследователей, митрополит Пётр (Могила) запретил распространение сочинений Кирилла Ставровецкого среди православных (об этом сообщается в письме патриарха Московского и всея Руси Адриана киевскому воеводе от 27 марта 1697 г.). Королевским указом от 3 марта 1643 г. из-за преклонного возраста и плохого здоровья Кирилла Ставровецкого его коадъютором с правом наследования должности настоятеля Елецкого монастыря был назначен униатский иеромонах Иларион Колковский. Раньше, в 1633 г., король Владислав IV Ваза по тем же причинам назначил коадъютором Кирилла Ставровецкого сына Иеремию. В сентябре 1646 г. Кирилл Ставровецкий издал в Чернигове свою последнюю книгу – «Перло многоценное». Скончался в Елецком монастыре. По данным Аркадия Васильевича Верзилова, после смерти Кирилла монастырь с его имениями занял «лях свецкий» Мариан Оранский. Он стал наречённым игуменом обители без принятия сана, по мнению исследователей, в связи с тем, что в униатском Елецком монастыре почти не было братии, и после смерти Кирилла Ставровецкого он существовал номинально.