Для совершения богослужений была зарегистрирована церковноприходская Георгиевская община, в ведение которой передавались все храмы и имущество. Председателем общины избрали мирян Савву Федотовича Сороку, а после его смерти (ум. 18 мая 1919 г.) – Фёдора Федотовича Зайцева. В общину вступили все жители Зверинца – 600 человек. Они приняли решение о совершении богослужений на церковнославянском языке. В 1919 г. по приказу Киевского окрисполкома часть богослужебных сосудов и облачений община передала автокефальному приходу Братской Борщаговки. 19 мая 1920 г. Наркомат земельных дел утвердил «Киево-Выдубицкую сельскохозяйственную и ремесленную трудовую артель». Однако в августе центр монастырского земледелия (хутор Круглик (15 десятин) Хотовской волости Киевского уезда) захватил «Культсовхоз». Братия жила только плодами из монастырских садов, но в 1921 г. по условиям кабальной аренды почти весь урожай фруктовых деревьев нужно было сдавать государству бесплатно, а саму коммуну обложили налогом в 1800 руб. Существует ошибочное мнение, будто Киевский Выдубицкий монастырь был официально ликвидирован в 1921 г. (по другой версии, монастырь «самоликвидировался» в 1924 г.). Однако архивные документы свидетельствуют о существовании монастыря до конца 1920 гг. В 1923 г., во время кампании по изъятию церковных ценностей, сотрудники ГПУ нашли в обители тайник с вкладами митрополита Петра (Могилы), епископа Игнатия (Оксеновича-Старушича), ювелира И.А. Равича, Евангелиями в драгоценных окладах, вещами Феодосия (Углицкого) и проч. Реликвии и другие предметы конфисковали и передали на оценку экспертам во главе с Даниилом Михайловичем Щербаковским, а затем – в Первый государственный музей (Научный архив Института археологии Национальной Академии Наук Украины). После ареста в ночь на 23 марта 1923 г. епископа Назария монашескую общину возглавил бывший казначей иеромонах Митрофан, который значился игуменом в 1927 г. В 1928–1929 гг., по официальным данным советских органов, в стенах обители проживал 31 монашествующий (Центральный государственный архив высших органов власти и управления Украины). 7 октября 1929 г. Киевский горсовет вынес постановление о выселении монахов из киевских монастырей, Киевский Выдубицкий монастырь был окончательно ликвидирован (Центральный государственный архив высших органов власти и управления Украины). Формально же в соответствии с постановлением ещё 1924 г. здесь числилась лишь община прихожан Георгиевского собора. В помещениях устроили клуб и жилые комнаты для работников деревообрабатывающего предприятия. Археологическая комиссия Всеукраинской Академии Наук поставила архитектурные памятники Киевского Выдубицкого монастыря на государственный учёт и в 1927 г. безуспешно просила на ремонт 23 тыс. руб. В декабре 1930 г. были сняты для переплавки или музейного хранения все колокола. В 1929–1934 гг. Михайловский собор находился в ведении общины Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ) во главе со священником Павлом Высочанским (арестован в июне 1934 г.), а в Георгиевском соборе размещалась община монахов закрытого Киево-Печерского монастыря (по воспоминаниям священника Д. Бурко, существовала до 1936 г.).